najbliższe spotkanie - poniedziałek 2.03.2009

14:00 - 15:00 - Analiza sekwencji białek kierowanych do plastydów złożonych.

Paweł Mackiewicz (Wydział Biotechnologii Uniwersytetu Wrocławskiego)

15:00 - 16:00 - Szczególna zależność od pH formowania się kompleksów antygen-antyciało.

Sylwia Lewicka (Instytut Fizyki, Uniwersytet Zielonogórski)

16:00-17:00 - Badania własności białek macierzy zewnątrzkomórkowej.

Wiesław Nowak (Zespół Teoretycznej Biofizyki Molekularnej, Instytut Fizyki, UMK Toruń)

Spotkania w roku 2008

• poniedziałek 15.12.2008

  14:00 - 15:00 - Retrogeny - zarodki ewolucji.

  Izabela Makałowska (Wydział Biologii, UAM Poznań)

  15:00 - 16:00 - Jak ocenić wiek mutacji?

  Andrzej Polański (Instytut Informatyki Politechniki Śląskiej, Gliwice oraz Polsko Japońska Wyższa Szkoła Technik Komputerowych, Wydział Zamiejscowy w Bytomiu)

  16:00-17:00 - Rekonstrukcja ewolucji sieci interakcji białek.

  Janusz Dutkowski (Wydz. Mat. Inf. Mech., UW)

• poniedziałek 17.11.2008

  14:00 - 15:00 - Nieklasyczne sekwencjonowanie przez hybrydyzacje.

  Piotr Formanowicz (Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej oraz Instytut Chemii Bioorganicznej PAN)

  15:00 - 16:00 - Modelowanie aktywności egzopeptydaz.

  Bogusław Kluge (Wydz. Mat. Inf. Mech, UW)

  16:00-17:00 - Kwantowe symulacje transferu protonów w układach (bio)molekularnych metodą całek po trajektoriach.

  Łukasz Walewski (Wydz. Fizyki, UW)

• poniedziałek 20.10.2008

  14:00 - 15:00 - Nowe podejścia do odczytywania sekwencji DNA.

  Aleksandra Świercz (Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej oraz Instytut Chemii Bioorganicznej PAN)

  15:00 - 16:00 - Metoda porównywania właściwości elektrostatycznych molekuł oparta na rozkładzie potencjału na harmoniki sferyczne.

  Maciej Długosz (ICM UW)

  16:00-17:00 - Hierarchiczne modelowanie białek i asocjatów białkowych.

  Andrzej Koliński (Wydz. Chemii UW)

• poniedziałek 9.06.2008

  14:00 - 15:00 - Zastosowania bioinformatyki i biologii systemowej w przemyśle farmaceutycznym - od badania mechanizmów biologicznych do nowych leków.

  Krzysztof Pawłowski (Instytut Biologii Doświadczalnej im Nenckiego, PAN, Warszawa)

  15:00 - 16:00 - Własności aminokwasów ważne dla ewolucji molekularnej.

  Witold Rudnicki (Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego UW)

  16:00-17:00 - Porównywanie struktur białkowych przy użyciu deskryptorów lokalnej struktury.

  Paweł Daniluk i Bogdan Lesyng (Wydział Fizyki UW)

• poniedziałek 19.05.2008

  14:00 - 15:00 - Od genu do fenotypu: jak połączyć zmiany na poziomie DNA ze zmianami na poziomie organizmu?

  Andrzej Jerzmanowski (Wydział Biologii UW oraz IBB PAN)

  15:00 - 16:00 - Asocjacja antybiotyków aminoglikozydowych z RNA. Dynamika molekularna i brownowska.

  Joanna Trylska (Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego UW)

  16:00-17:00 - Stochastyczne modele ekspresji genów.

  Jacek Miękisz (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki, Uniwersytet Warszawski)

• poniedziałek 21.04.2008

  14:00 - 15:00 - Zabawa dobrym cholesterolem.

  Marta Pasenkiewicz-Gierula (Zakład Biofizyki Obliczeniowej i Bioinformatyki, Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii, Uniwersytet Jagielloński)

  15:00 - 16:00 - Związek pomiędzy bistabilnością a stochastycznością w sygnalizacji T komórek.

  Tomasz Lipniacki (Instytut Podstawowych Problemów Techniki, Warszawa)

  16:00-17:00 - O drzewach filogenetycznych i przestrzeniach, które je parametryzują.

  Jarosław Wiśniewski (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki, Uniwersytet Warszawski)

• poniedziałek 17.03.2008

  14:00 - 15:00 - Dynamika molekularna "chorej" domeny (NBD1) białka (CFTR) odpowiedzialnego za mukowiscydozę.

  Piotr Zielenkiewicz (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN oraz Wydział Biologii Uniwersytetu Warszawskiego)

  15:00 - 16:00 - Zależność między punktem izoelektrycznym białek a ich długością oraz taksonomia i ekologia organizmów.

  Paweł Mackiewicz (Wydział Biotechnologii Uniwersytetu Wrocławskiego)

  16:00-17:00 - Modele infekcji wirusowej uwzględniające procesy wewnątrzkomórkowe.

  Jarosław Śmieja (Instytut Informatyki Politechniki Śląskiej w Gliwicach)

• poniedziałek 18.2.2008

  14:00 - 15:00 - Zatłoczone genomy: nakładające się geny u kręgowców.

  Izabela Makalowska (Pennsylvania State University, The Huck Institutes of Life Sciences, Center for Computational Genomics i Uniwersytet Adama Mickiewicza w Poznaniu, Wydział Biologii, Pracownia Bioinformatyki)

  15:00 - 16:00 - Modele mieszanin gaussowskich w analizie danych mikromacierzowych i proteomicznych (kontynuacja)

  Andrzej Polański (Instytut Informatyki Politechniki Śląskiej, Gliwice oraz Polsko Japońska Wyższa Szkoła Technik Komputerowych, Wydział Zamiejscowy w Bytomiu)

  16:00-17:00 - Optymalizacja pola siłowego a termodynamika zwijania białek.

  Adam Liwo (Wydział Chemii, Uniwersytet Gdański)

• poniedziałek 14.1.2008

  14:00 - 15:00 - Modele mieszanin gaussowskich w analizie danych mikromacierzowych i proteomicznych.

  Andrzej Polański (Instytut Informatyki Politechniki Śląskiej, Gliwice oraz Polsko Japońska Wyzsza Szkoła Technik Komputerowych, Wydział Zamiejscowy w Bytomiu)

  15:00 - 16:00 - Projekt HapMap, prezentacja danych oraz przykładowe wyniki analizy sprzężeń pomiędzy loci

  Przemysław Biecek (MIM UW oraz IM PAN oddział we Wrocławiu)

  16:00-17:00 - Niestandardowe metody dynamiki molekularnej w modelowaniu białek o znaczeniu medycznym i biotechnologicznym.

  Wiesław Nowak (Zespół Teoretycznej Biofizyki Molekularnej, Instytut Fizyki, UMK Toruń)

Spotkania w roku 2006

• poniedziałek 18.12.2006

  14:00 - 15:00 - Modelowanie długości genów.

  Mirosław Dudek (Instytut Fizyki Uniwersytetu Zielonogórskiego)

  15:00 - 16:00 - Modna kinaza - rola mTOR nowotorzeniu i chorobach mózgu.

  Jacek Jaworski (Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie)

  16:00-17:00 - Czy sieci oddziaływań białek są bezskalowe?

  Piotr Zielenkiewicz (Instytut Biochemii i Biofizyki, PAN)

• poniedziałek 20.11.2006

  14:00 - 15:00 - Wieloskalowe modelowanie białek.

  Andrzej Koliński (Instytut Chemii UW, Warszawa)

  15:00 - 16:00 - Analiza literatury naukowej za pomocą metod ewolucyjnych i statystycznych.

  Szymon Kaczanowski (Instytut Biochemii i Biofizyki, PAN, Warszawa)

  16:00-17:00 - O szczepionkach antywirusowych - założenia grantu europejskiego Compuvac.

  Jacek Błażewicz (Instytut Chemii Bioorganiczej PAN, oraz Instytut Informatyki Politechnika Poznańska)

• poniedziałek 30.10.2006

  14:00 - 15:00 - Analiza sieci interakcji za pomocą metod ewolucyjnych.

  Szymon Kaczanowski (Instytut Biochemii i Biofizyki, PAN, Warszawa)

  15:00 - 16:00 - Metody obliczeniowe w analizie danych spektrometrycznych.

  Anna Gambin (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki UW, Warszawa)

  16:00-17:00 - Modele strukturalne dynamiki populacyjnej.

  Ryszard Rudnicki (Instytut Matematyczny PAN, Katowice)

• poniedziałek 12.06.2006

  14:00 - 15:00 - Modelowanie procesów starzenia i dynamiki populacji metodą Monte Carlo.

  Stanisław Cebrat (Instytut Genetyki i Mikrobiologii Uniwersytet Wrocławski)

  15:00 - 16:00 - Uwarunkowania rozwoju medycyny molekularnej.

  Jerzy Ostrowski (Klinika Gastroenterologii Centrum Medycznego Kształcenia Podyplomowego i Centrum Onkologii, Warszawa)

  16:00-17:00 - Onkogen MDM2 jako nowe białko opiekuńcze.

  Maciej Żylicz (Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie)

• poniedziałek 15.05.2006

  14:00 - 15:00 - Dobro gatunku, metapopulacje i dobór grupowy.

  Adam Łomnicki (Instytut Nauk o Środowisku, Uniwersytet Jagielloński)

  15:00 - 16:00 - Analiza proteomu jądra komórkowego Arabidopsis thaliana.

  Maciej Kotliński (Wydział Biologii, Uniwersytet Warszawski)

  16:00-17:00 - Przewidywanie struktury oraz funkcji dla niescharakteryzowanych rodzin białkowych.

  Krzysztof Ginalski (ICM, Uniwersytet Warszawski)

• poniedziałek 10.04.2006

  14:00 - 15:00 - Czy Fisher sie mylił. Nowe spojrzenie na ewolucję proporcji płci w populacji przez pryzmat dynamicznych "dużych" gier.

  Krzysztof Argasiński (Wydział Biologii i Nauk o Ziemi, UJ)

  15:00 - 16:00 - Klasyfikacja: problemy z dużym wymiarem danych, nieklasyczne metody.

  Jacek Koronacki (Instytut Podstaw Informatyki, PAN)

  16:00-17:00 - Mikromacierze DNA i ich zastosowanie w Onkologii

  Barbara Jarząb (Centrum Onkologii - Instytut, Oddział w Gliwicach)

• poniedziałek 20.03.2006

  14:00 - 15:00 - Rola markerów molekularnych w identyfikacji, ustalaniu pokrewienstwa i selekcji pożądanych genotypów roślin sadowniczych.

  Małgorzata Korbin (Instytut Sadownictwa i Kwiaciarstwa, Skierniewice)

  15:00 - 16:00 - Procesy gałązkowe, analiza fluktuacji i model mutacji w raku piersi.

  Marek Kimmel (Department of Statistics, Rice University oraz Zakład Inżynierii Systemów, Politechnika Śląska)

  16:00-17:00 - Teoria gier i dynamika populacji.

  Jacek Miękisz (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki, Uniwersytet Warszawski)

• poniedziałek 20.02.2006

  14:00 - 15:00 - Od wzorów ekspresji genów do modelowania procesów biologicznych w prawidłowym i patologicznym mózgu.

  Bożena Kamińska (Instytut Biologii Doświadczalnej PAN im. Nenckiego)

  15:00 - 16:00 - Zastosowanie pola siłowego UNRES do badania dynamiki zwijania białek.

  Adam Liwo (Wydział Chemii, Uniwersytet Gdański)

  16:00-17:00 - Dlaczego zagęszczenia danego gatunku Daphnia sa w różnych jeziorach niemal takie same? Model matematyczny drapieżnictwa ze struktura wiekową.

  Dariusz Wrzosek (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki, Uniwersytet Warszawski)

• poniedziałek 9.01.2006

  Seminarium poświęcone w całości referatom związanym z grantem zamawianym MNiI p.t. "Proteomika i genomika strukturalna".

  • Sesja I (14:00-14:50)

    14:00 - Otwarcie

    Janusz Bujnicki (Lab. Bioinfo and Prot. Eng., IIMCB)

    14:05 - Discrimination of protein models based on theoretical analyses or experimental retraints

    Michał Gajda (Lab. Bioinfo and Prot. Eng., IIMCB)

    14:20 - MetaMQAP - przewidywanie lokalnej jakości teoretycznych modeli białka

    Marcin Pawłowski (Lab. Bioinfo and Prot. Eng., IIMCB)

    14:35 - PROTMAP2D - standalone software for calculation, visualization, and comparison of protein contact maps

    Michal Pietal (Lab. Bioinfo and Prot. Eng., IIMCB)

  • Sesja II (15:00-15:55)

    15:00 - New compuational tools for structure analysis and evaluation

    Andrzej Koliński (Wydział Chemii, UW)

    15:05 - Rapid determination of protein structures using sparse NMR data and the CABS lattice model

    Dorota Plewczyńska (Wydział Chemii, UW)

    15:25 - Minimal models for molecular replacement: Determining helix orientation

    Matthias Bochtler, Grzegorz Chojnowski (Lab. Struct. Biol., IIMCB)

  • Sesja III (16:00-17:00)

    16:00 - LC-MS experiment in proteomics

    Michał Dadlez (IBB PAN)

    16:15 - MS raw data processing

    Jarek Poznański (IBB PAN)

    16:30 - MascotScan

    Tymon Rubel (IBB PAN)

    16:45 - Automated processing of LC-MS datasets

    Janusz Dutkowski, Marta Łuksza (Wydział Mat., Inf. Mech. UW)

Spotkania w roku 2004

• poniedziałek 13.12.2004

  14:00 - Przewidywanie struktury białek - CASP6

  Krzysztof Ginalski (ICM UW)

  15:00 - Obliczeniowa analiza niekodujących RNA. Od sekwencji do funkcji.

  Marek Żywicki (Instytut Chemii Bioorganicznej PAN)

  16:00 - Eksploatacja ekosystemów a teoria gier

  Agnieszka Wiszniewska-Matyszkiel (MIM UW)

• poniedziałek 15.11.2004

  14:00 - Identyfikowanie regionu inicjacji replikacji chromosomów bakterii in silico.

  Pawel Mackiewicz (Wydział Biologii UWr)

  15:00 - Symulowanie ewolucji genów pod wpływem asymetrycznej presji mutacyjnej.

  Natalia Polak (Wydział Biologii UWr)

  16:00 - Podstawowe modele populacyjne - część druga.

  Ryszard Rudnicki (IM PAN)

• poniedziałek 18.10.2004

  14:00 - 1Mb chromosom Paramecium.

  Marek Zagulski (IBB PAN)

  15:00 - Podstawowe modele populacyjne.

  Ryszard Rudnicki (IM PAN)

  16:00 - Potencjały statystyczne i porównawcze w modelowaniu białek.

  Andrzej Koliński (Wydz. Chemii UW)

• poniedziałek 14.06.2004

  14:00 - Strategia działania organizmu żywego.

  Irena Roterman-Konieczna (Collegium Medicum, Uniwersytet Jagielloński)

  15:00 - Izotermiczne sekwencjonowanie przez hybrydyzację - kontynuacja.

  Piotr Formanowicz (Instytut Chemii Bioorganicznej PAN oraz Instytut Informatyki, Politechnika Poznańska)

  16:00 -Proste modele mutacji nowotworowych.

  Urszula Foryś (Wydzial Matatematyki, Informatyki i Mechaniki, UW)

• poniedziałek 17.05.2004

  14:00 - Izotermiczne sekwencjonowanie przez hybrydyzację.

  Piotr Formanowicz (Instytut Chemii Bioorganicznej PAN oraz Instytut Informatyki, Politechnika Poznańska)

  15:00 - Zależność między strukturą hiperpowierzchni energii potencjalnej białka a łatwoscią zwijania - badania modelowe na siatkach.

  Adam Liwo (Wydział Chemii, Uniwersytet Gdański).

  16:00 - Matematyczne modele dryfu genetycznego i estymacja wieku Ewy mitochondrialnej. (wykład wspólny z seminarium Centrum Zastosowań Matematyki IM PAN).

  Marek Kimmel (Statistics Department, Rice University, Houston, USA).

• poniedziałek 26.04.2004

  14:00 - Pożytek z proteomiki - kontynuacja

  Michał Dadlez (Instytut Biochemii i Biofizyki, PAN)

  15:00 - Dryf genetyczny i jego wpływ na rozkłady próbek z populacji - modele matematyczne - kontynuacja.

  Adam Bobrowski (Instytut Matematyczny PAN Oddział w Katowicach)

  16:00 - Wieloskalowe modele w badaniach białek i kwasów nukleinowych.

  Bogdan Lesyng (ICM oraz Wydział Fizyki, Uniwersytet Warszawski)

• poniedziałek 29.03.2004

  14:00 - Żelazo w chorobie Parkinsona.

  Jolanta Gałązka-Friedman (Wydział Fizyki Politechiki Warszawskiej)

  15:00 - Pożytek z proteomiki

  Michał Dadlez (Instytut Biochemii i Biofizyki, PAN)

  16:00 - Dryf genetyczny i jego wpływ na rozkłady próbek z populacji - modele matematyczne (kontynuacja).

  Adam Bobrowski (Instytut Matematyczny PAN Oddział w Katowicach)

• Poniedziałek, 1.03.2004

  14:00 - Transformacja nowotworowa - wyzwanie dla biologów, matematyków i informatyków

  Maciej Żylicz (Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej)

  15:00 - Sekwencje i grafy DNA (kontynuacja)

  Jacek Błażewicz (Instytut Chemii Bioorganicznej PAN oraz Instytut Informatyki, Politechnika Poznańska)

  16:00 - Dryf genetyczny i jego wpływ na rozkłady próbek z populacji - modele matematyczne

  Adam Bobrowski (Instytut Matematyczny PAN Oddział w Katowicach)

• Poniedziałek, 19.01.2004

  14:00 - Sekwencje i grafy DNA

  Jacek Błażewicz (Instytut Chemii Bioorganicznej PAN oraz Instytut Informatyki, Politechnika Poznańska)

  15:00 - Wysokiej rozdzelczości modele siatkowe białek

  Andrzej Koliński (Wydział Chemii, Uniwersytet Warszawski)

  16:00 - Operatory Markowa w modelach biologicznych (cz. III, kontynuacja)

  Ryszard Rudnicki (Instytut Matematyczny PAN, Oddział w Katowicach)