Seminarium środowiskowe Obliczeniowa Biologia

Seminarium organizowane przez Jerzego Tiuryna w ramach Centrum Zastosowań Matematyki, odbywa się w sali 403, w budynku Instytutu Matematycznego PAN przy ul. Śniadeckich 8 w Warszawie. Tematyka obejmuje szeroko rozumianą problematykę biologii obliczeniowej. Serdecznie zapraszamy wszystkich zainteresowanych. Po seminarium, około godziny 17:00, przewidziane jest zawsze spotkanie przy kawie, herbacie i ciastkach.

Poprzednie spotkania

• poniedziałek 19.05.2008

  14:00 - 15:00 - Od genu do fenotypu: jak połączyć zmiany na poziomie DNA ze zmianami na poziomie organizmu?

  Andrzej Jerzmanowski (Wydział Biologii UW oraz IBB PAN)

  15:00 - 16:00 - Asocjacja antybiotyków aminoglikozydowych z RNA. Dynamika molekularna i brownowska.

  Joanna Trylska (Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego UW)

  16:00-17:00 - Stochastyczne modele ekspresji genów.

  Jacek Miękisz (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki, Uniwersytet Warszawski)

• poniedziałek 21.04.2008

  14:00 - 15:00 - Zabawa dobrym cholesterolem.

  Marta Pasenkiewicz-Gierula (Zakład Biofizyki Obliczeniowej i Bioinformatyki, Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii, Uniwersytet Jagielloński)

  15:00 - 16:00 - Związek pomiędzy bistabilnością a stochastycznością w sygnalizacji T komórek.

  Tomasz Lipniacki (Instytut Podstawowych Problemów Techniki, Warszawa)

  16:00-17:00 - O drzewach filogenetycznych i przestrzeniach, które je parametryzują.

  Jarosław Wiśniewski (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki, Uniwersytet Warszawski)

• poniedziałek 17.03.2008

  14:00 - 15:00 - Dynamika molekularna "chorej" domeny (NBD1) białka (CFTR) odpowiedzialnego za mukowiscydozę.

  Piotr Zielenkiewicz (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN oraz Wydział Biologii Uniwersytetu Warszawskiego)

  15:00 - 16:00 - Zależność między punktem izoelektrycznym białek a ich długością oraz taksonomia i ekologia organizmów.

  Paweł Mackiewicz (Wydział Biotechnologii Uniwersytetu Wrocławskiego)

  16:00-17:00 - Modele infekcji wirusowej uwzględniające procesy wewnątrzkomórkowe.

  Jarosław Śmieja (Instytut Informatyki Politechniki Śląskiej w Gliwicach)

• poniedziałek 18.2.2008

  14:00 - 15:00 - Zatłoczone genomy: nakładające się geny u kręgowców.

  Izabela Makalowska (Pennsylvania State University, The Huck Institutes of Life Sciences, Center for Computational Genomics i Uniwersytet Adama Mickiewicza w Poznaniu, Wydział Biologii, Pracownia Bioinformatyki)

  15:00 - 16:00 - Modele mieszanin gaussowskich w analizie danych mikromacierzowych i proteomicznych (kontynuacja)

  Andrzej Polański (Instytut Informatyki Politechniki Śląskiej, Gliwice oraz Polsko Japońska Wyższa Szkoła Technik Komputerowych, Wydział Zamiejscowy w Bytomiu)

  16:00-17:00 - Optymalizacja pola siłowego a termodynamika zwijania białek.

  Adam Liwo (Wydział Chemii, Uniwersytet Gdański)

• poniedziałek 14.1.2008

  14:00 - 15:00 - Modele mieszanin gaussowskich w analizie danych mikromacierzowych i proteomicznych.

  Andrzej Polański (Instytut Informatyki Politechniki Śląskiej, Gliwice oraz Polsko Japońska Wyzsza Szkoła Technik Komputerowych, Wydział Zamiejscowy w Bytomiu)

  15:00 - 16:00 - Projekt HapMap, prezentacja danych oraz przykładowe wyniki analizy sprzężeń pomiędzy loci

  Przemysław Biecek (MIM UW oraz IM PAN oddział we Wrocławiu)

  16:00-17:00 - Niestandardowe metody dynamiki molekularnej w modelowaniu białek o znaczeniu medycznym i biotechnologicznym.

  Wiesław Nowak (Zespół Teoretycznej Biofizyki Molekularnej, Instytut Fizyki, UMK Toruń)

• poniedziałek 10.12.2007

  14:00 - 15:00 - Biologia syntetyczna - nowym zintegrowanym kierunkiem przyrodniczym.

  Andrzej Legocki (Instytut Chemii Bioorganicznej PAN w Poznaniu)

  15:00 - 16:00 - Analiza współregulacji transkrypcji na poziomie sekwencji regulatorowych u ssaków - przykłady.

  Michał Dąbrowski (Instytut Biologii Doświadczalnej im. Nenckiego, PAN, Warszawa)

  16:00-17:00 - Metoda stochastycznego uśredniania w modelach biologicznych.

  Adam Bobrowski (Instytut Matematyczny PAN oraz Politechnika Lubelska)

• poniedziałek 12.11.2007

  14:00 - 15:00 - Biogeneza, mechanizm działania i funkcja mikroRNA.

  Włodzimierz Krzyżosiak (Instytut Chemii Bioorganicznej PAN w Poznaniu)

  15:00 - 16:00 - Asemblacja krótkich fragmentów DNA.

  Aleksandra Świercz (Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej oraz Instytut Chemii Bioorganicznej PAN w Poznaniu)

  16:00-17:00 - Model ewolucji genomu z prawdopodobieństwami mutacji zależnymi od genu - kontynuacja.

  Ryszard Rudnicki (Instytut Matematyczny PAN oraz Uniwersytet Śląski)

• poniedziałek 15.10.2007

  14:00 - 15:00 - Modelowanie białek błonowych i ich kompleksów.

  Sławomir Filipek (Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie)

  15:00 - 16:00 - O wyszukiwaniu struktur przestrzennych fragmentów RNA.

  Marta Szachniuk (Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej oraz Instytut Chemii Bioorganicznej PAN w Poznaniu)

  16:00-17:00 - Model ewolucji genomu z prawdopodobieństwami mutacji zależnymi od genu.

  Ryszard Rudnicki (Instytut Matematyczny PAN oraz Uniwersytet Śląski)

• poniedziałek 11.6.2007

  14:00 - 15:00 - Rola niskocząsteczkowych RNA w regulacji ekspresji genów u eukariontow.

  Artur Jarmołowski (Zakład Ekspresji Genów, Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii, UAM)

  15:00 - 16:00 - Wieloskalowe modelowanie matematyczne procesów tworzenia się struktur przestrzennych w systemach biologicznych.

  Anna Marciniak (Center for Modeling and Simulations in the Biosciences (BIOMS), Interdisciplinary Center of Scientific Computing, University of Heidelberg)

  16:00-17:00 - Matematyczne własności processu amplifikacji i deamplifikacji genów.

  Mirosław Lachowicz (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki, UW)

• poniedziałek 21.5.2007

  14:00 - 15:00 - Bakteriofagi lizogenizujące w postaci plazmidów.

  Małgorzata Łobocka (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN)

  15:00 - 16:00 - Wieloskalowe modelowanie białek i kompleksów białkowych.

  Andrzej Koliński (Wydział Chemii UW)

  16:00-17:00 - Zredukowany model dynamiki molekularnej proteazy wirusa HIV-1.

  Joanna Trylska (Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego UW)

• poniedziałek 23.4.2007

  14:00 - 15:00 - Kod histonowy

  Marta Prymakowska-Bosak (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN)

  15:00 - 16:00 - Wybrane aspekty modelowania białek w zredukowanej przestrzeni konformacyjnej.

  Dominik Gont (Wydział Chemii UW)

  16:00-17:00 - Badanie szlaków sygnałowych w oparciu o model matematyczny

  Jarosław Śmieja (Instytut Automatyki Politechniki Śląskiej)

• poniedziałek 12.3.2007

  14:00 - 15:00 - Jak odtwarzać historię ewolucji w nadrodzinach białek w oparciu o analizę sekwencji, struktur i dystrybucji filogenetycznej?

  Janusz Bujnicki (Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej)

  15:00 - 16:00 - Ukorzenianie drzew filogenetycznych.

  Paweł Górecki (Max Plank Institute, Berlin oraz Wydział MIM UW)

  16:00-17:00 - Czy biologia inspiruje rozwój matematyki i na odwrót?

  Ryszard Rudnicki (Instytut Matematyczny PAN oraz Uniwersytet Śląski)

• poniedziałek 19.2.2007

  14:00 - 15:00 - Statystyczna metoda znajdowania ważności atrybutów w systemie informacyjnym na przykładzie analizy lekooporności wirusa HIV.

  Witold Rudnicki (ICM UW)

  15:00 - 16:00 - Wielokrokowe, symplektyczne algorytmy dynamiki molekularnej realizowane w gruboziarnistym modelu pola siłowego UNRES.

  Franciszek Rakowski (ICM UW oraz Wydzial Fizyki PW)

  16:00-17:00 - Kiedy Darwin spotka Mendla - Teoria gier w genetyce

  Jacek Miękisz (Wydział MIM UW)

• poniedziałek 8.01.2007

  Seminarium poświęcone w całości referatom związanym z grantem zamawianym MNiSzW p.t. "Proteomika i genomika strukturalna".

  • Sesja I (14:00-15:05)

    14:00 - Przypomnienie zadań i oczekiwanych wyników projektu - część projektu realizowana przez IBB/MIMUW (zadania 7-11)

    M. Dadlez

    14:05 - Program analizy ilościowej danych MS

    J. Poznański

    14:50 - Program analizy jakościowej danych MS

    T. Rubel

  • Sesja II (15:10-16:00)

    15:10 - Narzędzia algorytmiczne dla interpretacji złożonych widm spektrometrycznych

    A. Gambin

    15:25 - Przypomnienie zadań i oczekiwanych wyników projektu - część projektu realizowana przez IIMCB/WChUW (zadania 1-6)

    J.M. Bujnicki

    15:30 - Minimal models for molecular replacement

    M. Bochtler

  • Sesja III (16:05-17:15)

    16:05 - Oprogramowanie do generowania dużych zbiorów alternatywnych modeli i do budowy modeli z użyciem więzów specyficznych i niespecyficznych.

    A. Koliński

    16:35 - Narzędzia do identyfikacji modeli zgodnych z danymi doświadczalnymi i zintegrowany system do budowy i selekcji modeli z użyciem różnorodnych danych doświadczalnych.

    J.M. Bujnicki

    17:05 - Podsumowanie

    J.M. Bujnicki

Spotkania w roku 2005

• poniedziałek 19.12.2005

  14:00 - 15:00 - Mapowanie genomu: modele, złozoność.

  Jacek Błażewicz (Instytut Chemii Bioorganiczej PAN, oraz Instytut Informatyki Politechnika Poznańska)

  15:00 - 16:00 - Efekty stochastyczne w dynamice sieci reakcji biochemicznych.

  Andrzej Kierzek (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN)

  16:00-17:00 - Matematyczne aspekty nowego modelu ekspresji genów w organizmach eukariotycznych.

  Adam Bobrowski (IM PAN, oddział w Katowicach i Politechnika Lubelska)

• poniedziałek 21.11.2005

  14:00 - 15:00 - Modelowanie fenomenów biologicznych z danych masowych.

  Jan Komorowski (Centrum Bioinformatyki im. Linneusza, Uppsala)

  15:00 - 16:00 - Porównawcza analiza ekspresji i obszarów regulatorowych genów.

  Michal Dąbrowski (Instytut Biologii Doświadczalnej PAN im. Nenckiego)

  16:00-17:00 - Matematyczne aspekty nowego modelu ekspresji genów w organizmach eukariotycznych.

  Adam Bobrowski ( IM PAN, oddział w Katowicach i Politechnika Lubelska)

• poniedziałek 24.10.2005

  14:00 - 15:00 - Roślinne ruchome elementy genetyczne.

  Dariusz Grzebelus (Katedra Genetyki, Hodowli i Nasiennictwa, Akademia Rolnicza w Krakowie)

  15:00 - 16:00 - Od indywidualnego zachowania osobników do modeli strukturalnych.

  Ryszard Rudnicki (Instytut Matematyczny PAN, odział w Katowicach)

  16:00-17:00 - Analiza ewolucyjna interaktomu drożdży S. Cerevisiae.

  Piotr Zielenkiewicz (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN oraz Wydział Biologii UW)

• poniedziałek 13.06.2005

  14:00 - 15:00 - Od sekwencji do informacji w DNA - przykłady analizy genomów fagowych.

  Małgorzata Łobocka (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN)

  15:00 - 16:00 - Metoda wektorów wspierających w zastosowaniu do klasyfikacji aktywności biologicznej małych cząsteczek.

  Dariusz Plewczyński (BioInfoBank)

  16:00-17:00 - Od Indywidualnego zachowania osobników do modeli strukturalnych.

  Ryszard Rudnicki (Instytut Matematyczny PAN, odział w Katowicach)

• poniedziałek 16.05.2005

  14:00 - 15:00 - O ewolucji i różnicowaniu form życia na ziemi.

  Andrzej Legocki (Polska Akademia Nauk)

  15:00 - 16:00 - Jak zrozumieć złożone biomolekularne układy i procesy?

  Bogdan Lesyng (Wydział Fizyki UW oraz ICM UW)

  16:00-17:00 - Zastosowanie sieci Bayesowskich do analizy danych z mikromacierzy DNA.

  Andrzej Polański (Instytut Automatyki, Politechnika Śląska w Gliwicach)

• poniedziałek 18.04.2005

  14:00 - 15:00 - Terapia antyangiogenna jako problem sterowania.

  Andrzej Świerniak (Instytut Automatyki, Politechnika Śląska w Gliwicach)

  15:00 - 16:00 - Epigenetyka, pamięć komórkowa i plastyczność rozwojowa u roślin.

  Andrzej Jerzmanowski (Wydział Biologii UW oraz IBB PAN)

  16:00-17:00 - Rola nanotechnologii (genomiki i proteomiki) w rozwoju medycyny. Punkt widzenia lekarza praktyka i biologa molekularnego

  Jerzy Ostrowski (Klinika Gastroenterologii Centrum Medycznego Kształcenia Podyplomowego i Centrum Onkologii, Warszawa

• poniedziałek 14.03.2005

  14:00 - 15:00 - Problemy klasyfikacji pod nadzorem genetycznych danych mikromacierzowych

  Jacek Koronacki (IPI PAN)

  15:00 - 16:00 - Modelowanie regulacji aktywności supresora transformacji nowotworowej p53 w warunkach stresu

  Maciej Żylicz (IIMCB)

  16:00-17:00 - Stochastyczne półgrupy i dynamika nowotworów (kontynuacja)

  Mirosław Lachowicz (IMSiM UW)

• poniedziałek 28.02.2005

  Seminarium poświęcone w całości referatom związanym z grantem zamawianym KBN p.t. "Proteomika i genomika strukturalna".

  14:00-14:10 - Summary of the project (organization and aims of different teams)

  Janusz Bujnicki (IIMCB)

  14:10 -14:25 - Frankenstein - a program for automated modeling of protein structures based on fold-recognition alignments

  Michał Gajda (IIMCB)

  14:25-14:40 - Score - a program for discrimination of models that fit distance restraints derived from experimental data

  Michał Gajda (IIMCB)

  14:40-14:55 - UniMod: a universal interface for protein modeling programs

  Marcin Feder (IIMCB)

  14:55-15:10

  BREAK

  15:10-15:25 - CABS - a flexible tool for protein modeling

  Andrzej Koliński (WCh UW)

  15:25-15:40 - From fibre diffraction to conventional protein crystallography

  Matthias Bochtler (IIMCB)

  15:40-15:55

  BREAK

  15:55-16:40 - Multidimensional mass spectrometry data analysis software

  Michał Dadlez, Jarek Poznański, Tymon Rubel (IBB PAS)

  16:40-16:55 - Sample classification from protein mass spectrometry

  Anna Gambin (WMIM UW)

• poniedziałek 17.01.2005

  14:00 - Nowy algorytm asemblacji łańcuchow DNA

  Marta Kasprzak (Instytut Informatyki, Politechnika Poznańska)

  15:00 - Przewidywanie struktury białka z użyciem więzów z modeli FR

  Janusz Bujnicki (IIMCB, wspólna praca z A. Kolińskim (Inst. Chemii UW))

  16:00 - Stochastyczne półgrupy i dynamika nowotworów

  Mirosław Lachowicz (Instytut Matematyki Stosowanej i Mechaniki, UW)

Spotkania w roku 2003

• Poniedziałek, 15.12.2003

  14:00 - Operatory Markowa w modelach biologicznych (cz. II, kontynuacja)

  Ryszard Rudnicki (Instytut Matematyczny PAN, Oddział w Katowicach)

  15:00 - Przewidywanie struktury białek metodą dr Frankensteina

  Janusz M. Bujnicki (Międzynarodowy Instytut Molekularnej i Komórkowej Biologii, Warszawa)

  16:00 - O pierwszym prawie genomiki. Model Markowa (kontynuacja)

  Jerzy Tiuryn (Wydział Matematyki Informatyki i Mechaniki, Uniwersytet Warszawski)

• Poniedziałek, 24.11.2003

  14:00 - Operatory Markowa w modelach biologicznych

  Ryszard Rudnicki (Instytut Matematyczny PAN, Oddział w Katowicach)

  15:00 - Przewidywanie struktury białek. Jak i po co ?

  Leszek Rychlewski (BioInfoBank Institute, Poznań)

  16:00 - O pierwszym prawie genomiki. Model Markowa

  Jerzy Tiuryn (Wydział Matematyki Informatyki i Mechaniki, Uniwersytet Warszawski)