Seminarium środowiskowe Obliczeniowa Biologia
Seminarium organizowane przez Jerzego Tiuryna w ramach Centrum Zastosowań Matematyki, odbywa się w sali 403, w budynku Instytutu Matematycznego PAN przy ul. Śniadeckich 8 w Warszawie. Tematyka obejmuje szeroko rozumianą problematykę biologii obliczeniowej. Serdecznie zapraszamy wszystkich zainteresowanych. Po seminarium, około godziny 17:00, przewidziane jest zawsze spotkanie przy kawie, herbacie i ciastkach.
najbliższe spotkanie - poniedziałek 15.12.2008
- 14:00 - 15:00 - Retrogeny - zarodki ewolucji.
- Izabela Makałowska (Wydział Biologii, UAM Poznań)
- 15:00 - 16:00 - Jak ocenić wiek mutacji?
- Andrzej Polański (Instytut Informatyki Politechniki Śląskiej, Gliwice oraz Polsko Japońska Wyższa Szkoła Technik Komputerowych, Wydział Zamiejscowy w Bytomiu)
- 16:00-17:00 - Rekonstrukcja ewolucji sieci interakcji białek.
- Janusz Dutkowski (Wydz. Mat. Inf. Mech., UW)
Poprzednie spotkania
-
najbliższe spotkanie - poniedziałek 17.11.2008
- 14:00 - 15:00 - Nieklasyczne sekwencjonowanie przez hybrydyzacje.
- Piotr Formanowicz (Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej oraz Instytut Chemii Bioorganicznej PAN)
- 15:00 - 16:00 - Modelowanie aktywności egzopeptydaz.
- Bogusław Kluge (Wydz. Mat. Inf. Mech, UW)
- 16:00-17:00 - Kwantowe symulacje transferu protonów w układach (bio)molekularnych metodą całek po trajektoriach.
- Łukasz Walewski (Wydz. Fizyki, UW)
-
poniedziałek 20.10.2008
- 14:00 - 15:00 - Nowe podejścia do odczytywania sekwencji DNA.
- Aleksandra Świercz (Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej oraz Instytut Chemii Bioorganicznej PAN)
- 15:00 - 16:00 - Metoda porównywania właściwości elektrostatycznych molekuł oparta na rozkładzie potencjału na harmoniki sferyczne.
- Maciej Długosz (ICM UW)
- 16:00-17:00 - Hierarchiczne modelowanie białek i asocjatów białkowych.
- Andrzej Koliński (Wydz. Chemii UW)
-
poniedziałek 9.06.2008
- 14:00 - 15:00 - Zastosowania bioinformatyki i biologii systemowej w przemyśle farmaceutycznym - od badania mechanizmów biologicznych do nowych leków.
- Krzysztof Pawłowski (Instytut Biologii Doświadczalnej im Nenckiego, PAN, Warszawa)
- 15:00 - 16:00 - Własności aminokwasów ważne dla ewolucji molekularnej.
- Witold Rudnicki (Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego UW)
- 16:00-17:00 - Porównywanie struktur białkowych przy użyciu deskryptorów lokalnej struktury.
- Paweł Daniluk i Bogdan Lesyng (Wydział Fizyki UW)
-
poniedziałek 19.05.2008
- 14:00 - 15:00 - Od genu do fenotypu: jak połączyć zmiany na poziomie DNA ze zmianami na poziomie organizmu?
- Andrzej Jerzmanowski (Wydział Biologii UW oraz IBB PAN)
- 15:00 - 16:00 - Asocjacja antybiotyków aminoglikozydowych z RNA. Dynamika molekularna i brownowska.
- Joanna Trylska (Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego UW)
- 16:00-17:00 - Stochastyczne modele ekspresji genów.
- Jacek Miękisz (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki, Uniwersytet Warszawski)
-
poniedziałek 21.04.2008
- 14:00 - 15:00 - Zabawa dobrym cholesterolem.
- Marta Pasenkiewicz-Gierula (Zakład Biofizyki Obliczeniowej i Bioinformatyki, Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii, Uniwersytet Jagielloński)
- 15:00 - 16:00 - Związek pomiędzy bistabilnością a stochastycznością w sygnalizacji T komórek.
- Tomasz Lipniacki (Instytut Podstawowych Problemów Techniki, Warszawa)
- 16:00-17:00 - O drzewach filogenetycznych i przestrzeniach, które je parametryzują.
- Jarosław Wiśniewski (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki, Uniwersytet Warszawski)
-
poniedziałek 17.03.2008
- 14:00 - 15:00 - Dynamika molekularna "chorej" domeny (NBD1) białka (CFTR) odpowiedzialnego za mukowiscydozę.
- Piotr Zielenkiewicz (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN oraz Wydział Biologii Uniwersytetu Warszawskiego)
- 15:00 - 16:00 - Zależność między punktem izoelektrycznym białek a ich długością oraz taksonomia i ekologia organizmów.
- Paweł Mackiewicz (Wydział Biotechnologii Uniwersytetu Wrocławskiego)
- 16:00-17:00 - Modele infekcji wirusowej uwzględniające procesy wewnątrzkomórkowe.
- Jarosław Śmieja (Instytut Informatyki Politechniki Śląskiej w Gliwicach)
-
poniedziałek 18.2.2008
- 14:00 - 15:00 - Zatłoczone genomy: nakładające się geny u kręgowców.
- Izabela Makalowska (Pennsylvania State University, The Huck Institutes of Life Sciences, Center for Computational Genomics i Uniwersytet Adama Mickiewicza w Poznaniu, Wydział Biologii, Pracownia Bioinformatyki)
- 15:00 - 16:00 - Modele mieszanin gaussowskich w analizie danych mikromacierzowych i proteomicznych (kontynuacja)
- Andrzej Polański (Instytut Informatyki Politechniki Śląskiej, Gliwice oraz Polsko Japońska Wyższa Szkoła Technik Komputerowych, Wydział Zamiejscowy w Bytomiu)
- 16:00-17:00 - Optymalizacja pola siłowego a termodynamika zwijania białek.
- Adam Liwo (Wydział Chemii, Uniwersytet Gdański)
-
poniedziałek 14.1.2008
- 14:00 - 15:00 - Modele mieszanin gaussowskich w analizie danych mikromacierzowych i proteomicznych.
- Andrzej Polański (Instytut Informatyki Politechniki Śląskiej, Gliwice oraz Polsko Japońska Wyzsza Szkoła Technik Komputerowych, Wydział Zamiejscowy w Bytomiu)
- 15:00 - 16:00 - Projekt HapMap, prezentacja danych oraz przykładowe wyniki analizy sprzężeń pomiędzy loci
- Przemysław Biecek (MIM UW oraz IM PAN oddział we Wrocławiu)
- 16:00-17:00 - Niestandardowe metody dynamiki molekularnej w modelowaniu białek o znaczeniu medycznym i biotechnologicznym.
- Wiesław Nowak (Zespół Teoretycznej Biofizyki Molekularnej, Instytut Fizyki, UMK Toruń)
Spotkania w roku 2007
-
poniedziałek 10.12.2007
- 14:00 - 15:00 - Biologia syntetyczna - nowym zintegrowanym kierunkiem przyrodniczym.
- Andrzej Legocki (Instytut Chemii Bioorganicznej PAN w Poznaniu)
- 15:00 - 16:00 - Analiza współregulacji transkrypcji na poziomie sekwencji regulatorowych u ssaków - przykłady.
- Michał Dąbrowski (Instytut Biologii Doświadczalnej im. Nenckiego, PAN, Warszawa)
- 16:00-17:00 - Metoda stochastycznego uśredniania w modelach biologicznych.
- Adam Bobrowski (Instytut Matematyczny PAN oraz Politechnika Lubelska)
-
poniedziałek 12.11.2007
- 14:00 - 15:00 - Biogeneza, mechanizm działania i funkcja mikroRNA.
- Włodzimierz Krzyżosiak (Instytut Chemii Bioorganicznej PAN w Poznaniu)
- 15:00 - 16:00 - Asemblacja krótkich fragmentów DNA.
- Aleksandra Świercz (Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej oraz Instytut Chemii Bioorganicznej PAN w Poznaniu)
- 16:00-17:00 - Model ewolucji genomu z prawdopodobieństwami mutacji zależnymi od genu - kontynuacja.
- Ryszard Rudnicki (Instytut Matematyczny PAN oraz Uniwersytet Śląski)
-
poniedziałek 15.10.2007
- 14:00 - 15:00 - Modelowanie białek błonowych i ich kompleksów.
- Sławomir Filipek (Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie)
- 15:00 - 16:00 - O wyszukiwaniu struktur przestrzennych fragmentów RNA.
- Marta Szachniuk (Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej oraz Instytut Chemii Bioorganicznej PAN w Poznaniu)
- 16:00-17:00 - Model ewolucji genomu z prawdopodobieństwami mutacji zależnymi od genu.
- Ryszard Rudnicki (Instytut Matematyczny PAN oraz Uniwersytet Śląski)
-
poniedziałek 11.6.2007
- 14:00 - 15:00 - Rola niskocząsteczkowych RNA w regulacji ekspresji genów u eukariontow.
- Artur Jarmołowski (Zakład Ekspresji Genów, Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii, UAM)
- 15:00 - 16:00 - Wieloskalowe modelowanie matematyczne procesów tworzenia się struktur przestrzennych w systemach biologicznych.
- Anna Marciniak (Center for Modeling and Simulations in the Biosciences (BIOMS), Interdisciplinary Center of Scientific Computing, University of Heidelberg)
- 16:00-17:00 - Matematyczne własności processu amplifikacji i deamplifikacji genów.
- Mirosław Lachowicz (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki, UW)
-
poniedziałek 21.5.2007
- 14:00 - 15:00 - Bakteriofagi lizogenizujące w postaci plazmidów.
- Małgorzata Łobocka (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN)
- 15:00 - 16:00 - Wieloskalowe modelowanie białek i kompleksów białkowych.
- Andrzej Koliński (Wydział Chemii UW)
- 16:00-17:00 - Zredukowany model dynamiki molekularnej proteazy wirusa HIV-1.
- Joanna Trylska (Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego UW)
-
poniedziałek 23.4.2007
- 14:00 - 15:00 - Kod histonowy
- Marta Prymakowska-Bosak (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN)
- 15:00 - 16:00 - Wybrane aspekty modelowania białek w zredukowanej przestrzeni konformacyjnej.
- Dominik Gont (Wydział Chemii UW)
- 16:00-17:00 - Badanie szlaków sygnałowych w oparciu o model matematyczny
- Jarosław Śmieja (Instytut Automatyki Politechniki Śląskiej)
-
poniedziałek 12.3.2007
- 14:00 - 15:00 - Jak odtwarzać historię ewolucji w nadrodzinach białek w oparciu o analizę sekwencji, struktur i dystrybucji filogenetycznej?
- Janusz Bujnicki (Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej)
- 15:00 - 16:00 - Ukorzenianie drzew filogenetycznych.
- Paweł Górecki (Max Plank Institute, Berlin oraz Wydział MIM UW)
- 16:00-17:00 - Czy biologia inspiruje rozwój matematyki i na odwrót?
- Ryszard Rudnicki (Instytut Matematyczny PAN oraz Uniwersytet Śląski)
-
poniedziałek 19.2.2007
- 14:00 - 15:00 - Statystyczna metoda znajdowania ważności atrybutów w systemie informacyjnym na przykładzie analizy lekooporności wirusa HIV.
- Witold Rudnicki (ICM UW)
- 15:00 - 16:00 - Wielokrokowe, symplektyczne algorytmy dynamiki molekularnej realizowane w gruboziarnistym modelu pola siłowego UNRES.
- Franciszek Rakowski (ICM UW oraz Wydzial Fizyki PW)
- 16:00-17:00 - Kiedy Darwin spotka Mendla - Teoria gier w genetyce
- Jacek Miękisz (Wydział MIM UW)
-
poniedziałek 8.01.2007
Seminarium poświęcone w całości referatom związanym z grantem zamawianym MNiSzW p.t. "Proteomika i genomika strukturalna".
- Sesja I (14:00-15:05)
- 14:00 - Przypomnienie zadań i oczekiwanych wyników projektu - część projektu realizowana przez IBB/MIMUW (zadania 7-11)
- M. Dadlez
- 14:05 - Program analizy ilościowej danych MS
- J. Poznański
- 14:50 - Program analizy jakościowej danych MS
- T. Rubel
- Sesja II (15:10-16:00)
- 15:10 - Narzędzia algorytmiczne dla interpretacji złożonych widm spektrometrycznych
- A. Gambin
- 15:25 - Przypomnienie zadań i oczekiwanych wyników projektu - część projektu realizowana przez IIMCB/WChUW (zadania 1-6)
- J.M. Bujnicki
- 15:30 - Minimal models for molecular replacement
- M. Bochtler
- Sesja III (16:05-17:15)
- 16:05 - Oprogramowanie do generowania dużych zbiorów alternatywnych modeli i do budowy modeli z użyciem więzów specyficznych i niespecyficznych.
- A. Koliński
- 16:35 - Narzędzia do identyfikacji modeli zgodnych z danymi doświadczalnymi i zintegrowany system do budowy i selekcji modeli z użyciem różnorodnych danych doświadczalnych.
- J.M. Bujnicki
- 17:05 - Podsumowanie
- J.M. Bujnicki
- Sesja I (14:00-15:05)
Spotkania w roku 2006
-
poniedziałek 18.12.2006
- 14:00 - 15:00 - Modelowanie długości genów.
- Mirosław Dudek (Instytut Fizyki Uniwersytetu Zielonogórskiego)
- 15:00 - 16:00 - Modna kinaza - rola mTOR nowotorzeniu i chorobach mózgu.
- Jacek Jaworski (Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie)
- 16:00-17:00 - Czy sieci oddziaływań białek są bezskalowe?
- Piotr Zielenkiewicz (Instytut Biochemii i Biofizyki, PAN)
-
poniedziałek 20.11.2006
- 14:00 - 15:00 - Wieloskalowe modelowanie białek.
- Andrzej Koliński (Instytut Chemii UW, Warszawa)
- 15:00 - 16:00 - Analiza literatury naukowej za pomocą metod ewolucyjnych i statystycznych.
- Szymon Kaczanowski (Instytut Biochemii i Biofizyki, PAN, Warszawa)
- 16:00-17:00 - O szczepionkach antywirusowych - założenia grantu europejskiego Compuvac.
- Jacek Błażewicz (Instytut Chemii Bioorganiczej PAN, oraz Instytut Informatyki Politechnika Poznańska)
-
poniedziałek 30.10.2006
- 14:00 - 15:00 - Analiza sieci interakcji za pomocą metod ewolucyjnych.
- Szymon Kaczanowski (Instytut Biochemii i Biofizyki, PAN, Warszawa)
- 15:00 - 16:00 - Metody obliczeniowe w analizie danych spektrometrycznych.
- Anna Gambin (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki UW, Warszawa)
- 16:00-17:00 - Modele strukturalne dynamiki populacyjnej.
- Ryszard Rudnicki (Instytut Matematyczny PAN, Katowice)
-
poniedziałek 12.06.2006
- 14:00 - 15:00 - Modelowanie procesów starzenia i dynamiki populacji metodą Monte Carlo.
- Stanisław Cebrat (Instytut Genetyki i Mikrobiologii Uniwersytet Wrocławski)
- 15:00 - 16:00 - Uwarunkowania rozwoju medycyny molekularnej.
- Jerzy Ostrowski (Klinika Gastroenterologii Centrum Medycznego Kształcenia Podyplomowego i Centrum Onkologii, Warszawa)
- 16:00-17:00 - Onkogen MDM2 jako nowe białko opiekuńcze.
- Maciej Żylicz (Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie)
-
poniedziałek 15.05.2006
- 14:00 - 15:00 - Dobro gatunku, metapopulacje i dobór grupowy.
- Adam Łomnicki (Instytut Nauk o Środowisku, Uniwersytet Jagielloński)
- 15:00 - 16:00 - Analiza proteomu jądra komórkowego Arabidopsis thaliana.
- Maciej Kotliński (Wydział Biologii, Uniwersytet Warszawski)
- 16:00-17:00 - Przewidywanie struktury oraz funkcji dla niescharakteryzowanych rodzin białkowych.
- Krzysztof Ginalski (ICM, Uniwersytet Warszawski)
-
poniedziałek 10.04.2006
- 14:00 - 15:00 - Czy Fisher sie mylił. Nowe spojrzenie na ewolucję proporcji płci w populacji przez pryzmat dynamicznych "dużych" gier.
- Krzysztof Argasiński (Wydział Biologii i Nauk o Ziemi, UJ)
- 15:00 - 16:00 - Klasyfikacja: problemy z dużym wymiarem danych, nieklasyczne metody.
- Jacek Koronacki (Instytut Podstaw Informatyki, PAN)
- 16:00-17:00 - Mikromacierze DNA i ich zastosowanie w Onkologii
- Barbara Jarząb (Centrum Onkologii - Instytut, Oddział w Gliwicach)
-
poniedziałek 20.03.2006
- 14:00 - 15:00 - Rola markerów molekularnych w identyfikacji, ustalaniu pokrewienstwa i selekcji pożądanych genotypów roślin sadowniczych.
- Małgorzata Korbin (Instytut Sadownictwa i Kwiaciarstwa, Skierniewice)
- 15:00 - 16:00 - Procesy gałązkowe, analiza fluktuacji i model mutacji w raku piersi.
- Marek Kimmel (Department of Statistics, Rice University oraz Zakład Inżynierii Systemów, Politechnika Śląska)
- 16:00-17:00 - Teoria gier i dynamika populacji.
- Jacek Miękisz (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki, Uniwersytet Warszawski)
-
poniedziałek 20.02.2006
- 14:00 - 15:00 - Od wzorów ekspresji genów do modelowania procesów biologicznych w prawidłowym i patologicznym mózgu.
- Bożena Kamińska (Instytut Biologii Doświadczalnej PAN im. Nenckiego)
- 15:00 - 16:00 - Zastosowanie pola siłowego UNRES do badania dynamiki zwijania białek.
- Adam Liwo (Wydział Chemii, Uniwersytet Gdański)
- 16:00-17:00 - Dlaczego zagęszczenia danego gatunku Daphnia sa w różnych jeziorach niemal takie same? Model matematyczny drapieżnictwa ze struktura wiekową.
- Dariusz Wrzosek (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki, Uniwersytet Warszawski)
-
poniedziałek 9.01.2006
Seminarium poświęcone w całości referatom związanym z grantem zamawianym MNiI p.t. "Proteomika i genomika strukturalna".
- Sesja I (14:00-14:50)
- 14:00 - Otwarcie
- Janusz Bujnicki (Lab. Bioinfo and Prot. Eng., IIMCB)
- 14:05 - Discrimination of protein models based on theoretical analyses or experimental retraints
- Michał Gajda (Lab. Bioinfo and Prot. Eng., IIMCB)
- 14:20 - MetaMQAP - przewidywanie lokalnej jakości teoretycznych modeli białka
- Marcin Pawłowski (Lab. Bioinfo and Prot. Eng., IIMCB)
- 14:35 - PROTMAP2D - standalone software for calculation, visualization, and comparison of protein contact maps
- Michal Pietal (Lab. Bioinfo and Prot. Eng., IIMCB)
- Sesja II (15:00-15:55)
- 15:00 - New compuational tools for structure analysis and evaluation
- Andrzej Koliński (Wydział Chemii, UW)
- 15:05 - Rapid determination of protein structures using sparse NMR data and the CABS lattice model
- Dorota Plewczyńska (Wydział Chemii, UW)
- 15:25 - Minimal models for molecular replacement: Determining helix orientation
- Matthias Bochtler, Grzegorz Chojnowski (Lab. Struct. Biol., IIMCB)
- Sesja III (16:00-17:00)
- 16:00 - LC-MS experiment in proteomics
- Michał Dadlez (IBB PAN)
- 16:15 - MS raw data processing
- Jarek Poznański (IBB PAN)
- 16:30 - MascotScan
- Tymon Rubel (IBB PAN)
- 16:45 - Automated processing of LC-MS datasets
- Janusz Dutkowski, Marta Łuksza (Wydział Mat., Inf. Mech. UW)
- Sesja I (14:00-14:50)
Spotkania w roku 2005
-
poniedziałek 19.12.2005
- 14:00 - 15:00 - Mapowanie genomu: modele, złozoność.
- Jacek Błażewicz (Instytut Chemii Bioorganiczej PAN, oraz Instytut Informatyki Politechnika Poznańska)
- 15:00 - 16:00 - Efekty stochastyczne w dynamice sieci reakcji biochemicznych.
- Andrzej Kierzek (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN)
- 16:00-17:00 - Matematyczne aspekty nowego modelu ekspresji genów w organizmach eukariotycznych.
- Adam Bobrowski (IM PAN, oddział w Katowicach i Politechnika Lubelska)
poniedziałek 21.11.2005
- 14:00 - 15:00 - Modelowanie fenomenów biologicznych z danych masowych.
- Jan Komorowski (Centrum Bioinformatyki im. Linneusza, Uppsala)
- 15:00 - 16:00 - Porównawcza analiza ekspresji i obszarów regulatorowych genów.
- Michal Dąbrowski (Instytut Biologii Doświadczalnej PAN im. Nenckiego)
- 16:00-17:00 - Matematyczne aspekty nowego modelu ekspresji genów w organizmach eukariotycznych.
- Adam Bobrowski ( IM PAN, oddział w Katowicach i Politechnika Lubelska)
poniedziałek 24.10.2005
- 14:00 - 15:00 - Roślinne ruchome elementy genetyczne.
- Dariusz Grzebelus (Katedra Genetyki, Hodowli i Nasiennictwa, Akademia Rolnicza w Krakowie)
- 15:00 - 16:00 - Od indywidualnego zachowania osobników do modeli strukturalnych.
- Ryszard Rudnicki (Instytut Matematyczny PAN, odział w Katowicach)
- 16:00-17:00 - Analiza ewolucyjna interaktomu drożdży S. Cerevisiae.
- Piotr Zielenkiewicz (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN oraz Wydział Biologii UW)
poniedziałek 13.06.2005
- 14:00 - 15:00 - Od sekwencji do informacji w DNA - przykłady analizy genomów fagowych.
- Małgorzata Łobocka (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN)
- 15:00 - 16:00 - Metoda wektorów wspierających w zastosowaniu do klasyfikacji aktywności biologicznej małych cząsteczek.
- Dariusz Plewczyński (BioInfoBank)
- 16:00-17:00 - Od Indywidualnego zachowania osobników do modeli strukturalnych.
- Ryszard Rudnicki (Instytut Matematyczny PAN, odział w Katowicach)
poniedziałek 16.05.2005
- 14:00 - 15:00 - O ewolucji i różnicowaniu form życia na ziemi.
- Andrzej Legocki (Polska Akademia Nauk)
- 15:00 - 16:00 - Jak zrozumieć złożone biomolekularne układy i procesy?
- Bogdan Lesyng (Wydział Fizyki UW oraz ICM UW)
- 16:00-17:00 - Zastosowanie sieci Bayesowskich do analizy danych z mikromacierzy DNA.
- Andrzej Polański (Instytut Automatyki, Politechnika Śląska w Gliwicach)
poniedziałek 18.04.2005
- 14:00 - 15:00 - Terapia antyangiogenna jako problem sterowania.
- Andrzej Świerniak (Instytut Automatyki, Politechnika Śląska w Gliwicach)
- 15:00 - 16:00 - Epigenetyka, pamięć komórkowa i plastyczność rozwojowa u roślin.
- Andrzej Jerzmanowski (Wydział Biologii UW oraz IBB PAN)
- 16:00-17:00 - Rola nanotechnologii (genomiki i proteomiki) w rozwoju medycyny. Punkt widzenia lekarza praktyka i biologa molekularnego
- Jerzy Ostrowski (Klinika Gastroenterologii Centrum Medycznego Kształcenia Podyplomowego i Centrum Onkologii, Warszawa
-
poniedziałek 14.03.2005
- 14:00 - 15:00 - Problemy klasyfikacji pod nadzorem genetycznych danych mikromacierzowych
- Jacek Koronacki (IPI PAN)
- 15:00 - 16:00 - Modelowanie regulacji aktywności supresora transformacji nowotworowej p53 w warunkach stresu
- Maciej Żylicz (IIMCB)
- 16:00-17:00 - Stochastyczne półgrupy i dynamika nowotworów (kontynuacja)
- Mirosław Lachowicz (IMSiM UW)
-
poniedziałek 28.02.2005
Seminarium poświęcone w całości referatom związanym z grantem zamawianym KBN p.t. "Proteomika i genomika strukturalna".
- 14:00-14:10 - Summary of the project (organization and aims of different teams)
- Janusz Bujnicki (IIMCB)
- 14:10 -14:25 - Frankenstein - a program for automated modeling of protein structures based on fold-recognition alignments
- Michał Gajda (IIMCB)
- 14:25-14:40 - Score - a program for discrimination of models that fit distance restraints derived from experimental data
- Michał Gajda (IIMCB)
- 14:40-14:55 - UniMod: a universal interface for protein modeling programs
- Marcin Feder (IIMCB)
- 14:55-15:10
- BREAK
- 15:10-15:25 - CABS - a flexible tool for protein modeling
- Andrzej Koliński (WCh UW)
- 15:25-15:40 - From fibre diffraction to conventional protein crystallography
- Matthias Bochtler (IIMCB)
- 15:40-15:55
- BREAK
- 15:55-16:40 - Multidimensional mass spectrometry data analysis software
- Michał Dadlez, Jarek Poznański, Tymon Rubel (IBB PAS)
- 16:40-16:55 - Sample classification from protein mass spectrometry
- Anna Gambin (WMIM UW)
-
poniedziałek 17.01.2005
- 14:00 - Nowy algorytm asemblacji łańcuchow DNA
- Marta Kasprzak (Instytut Informatyki, Politechnika Poznańska)
- 15:00 - Przewidywanie struktury białka z użyciem więzów z modeli FR
- Janusz Bujnicki (IIMCB, wspólna praca z A. Kolińskim (Inst. Chemii UW))
- 16:00 - Stochastyczne półgrupy i dynamika nowotworów
- Mirosław Lachowicz (Instytut Matematyki Stosowanej i Mechaniki, UW)
Spotkania w roku 2004
-
poniedziałek 13.12.2004
- 14:00 - Przewidywanie struktury białek - CASP6
- Krzysztof Ginalski (ICM UW)
- 15:00 - Obliczeniowa analiza niekodujących RNA. Od sekwencji do funkcji.
- Marek Żywicki (Instytut Chemii Bioorganicznej PAN)
- 16:00 - Eksploatacja ekosystemów a teoria gier
- Agnieszka Wiszniewska-Matyszkiel (MIM UW)
-
poniedziałek 15.11.2004
- 14:00 - Identyfikowanie regionu inicjacji replikacji chromosomów bakterii in silico.
- Pawel Mackiewicz (Wydział Biologii UWr)
- 15:00 - Symulowanie ewolucji genów pod wpływem asymetrycznej presji mutacyjnej.
- Natalia Polak (Wydział Biologii UWr)
- 16:00 - Podstawowe modele populacyjne - część druga.
- Ryszard Rudnicki (IM PAN)
-
poniedziałek 18.10.2004
- 14:00 - 1Mb chromosom Paramecium.
- Marek Zagulski (IBB PAN)
- 15:00 - Podstawowe modele populacyjne.
- Ryszard Rudnicki (IM PAN)
- 16:00 - Potencjały statystyczne i porównawcze w modelowaniu białek.
- Andrzej Koliński (Wydz. Chemii UW)
-
poniedziałek 14.06.2004
- 14:00 - Strategia działania organizmu żywego.
- Irena Roterman-Konieczna (Collegium Medicum, Uniwersytet Jagielloński)
- 15:00 - Izotermiczne sekwencjonowanie przez hybrydyzację - kontynuacja.
- Piotr Formanowicz (Instytut Chemii Bioorganicznej PAN oraz Instytut Informatyki, Politechnika Poznańska)
- 16:00 -Proste modele mutacji nowotworowych.
- Urszula Foryś (Wydzial Matatematyki, Informatyki i Mechaniki, UW)
-
poniedziałek 17.05.2004
- 14:00 - Izotermiczne sekwencjonowanie przez hybrydyzację.
- Piotr Formanowicz (Instytut Chemii Bioorganicznej PAN oraz Instytut Informatyki, Politechnika Poznańska)
- 15:00 - Zależność między strukturą hiperpowierzchni energii potencjalnej białka a łatwoscią zwijania - badania modelowe na siatkach.
- Adam Liwo (Wydział Chemii, Uniwersytet Gdański).
- 16:00 - Matematyczne modele dryfu genetycznego i estymacja wieku Ewy mitochondrialnej. (wykład wspólny z seminarium Centrum Zastosowań Matematyki IM PAN).
- Marek Kimmel (Statistics Department, Rice University, Houston, USA).
-
poniedziałek 26.04.2004
- 14:00 - Pożytek z proteomiki - kontynuacja
- Michał Dadlez (Instytut Biochemii i Biofizyki, PAN)
- 15:00 - Dryf genetyczny i jego wpływ na rozkłady próbek z populacji - modele matematyczne - kontynuacja.
- Adam Bobrowski (Instytut Matematyczny PAN Oddział w Katowicach)
- 16:00 - Wieloskalowe modele w badaniach białek i kwasów nukleinowych.
- Bogdan Lesyng (ICM oraz Wydział Fizyki, Uniwersytet Warszawski)
-
poniedziałek 29.03.2004
- 14:00 - Żelazo w chorobie Parkinsona.
- Jolanta Gałązka-Friedman (Wydział Fizyki Politechiki Warszawskiej)
- 15:00 - Pożytek z proteomiki
- Michał Dadlez (Instytut Biochemii i Biofizyki, PAN)
- 16:00 - Dryf genetyczny i jego wpływ na rozkłady próbek z populacji - modele matematyczne (kontynuacja).
- Adam Bobrowski (Instytut Matematyczny PAN Oddział w Katowicach)
-
Poniedziałek, 1.03.2004
- 14:00 - Transformacja nowotworowa - wyzwanie dla biologów, matematyków i informatyków
- Maciej Żylicz (Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej)
- 15:00 - Sekwencje i grafy DNA (kontynuacja)
- Jacek Błażewicz (Instytut Chemii Bioorganicznej PAN oraz Instytut Informatyki, Politechnika Poznańska)
- 16:00 - Dryf genetyczny i jego wpływ na rozkłady próbek z populacji - modele matematyczne
- Adam Bobrowski (Instytut Matematyczny PAN Oddział w Katowicach)
-
Poniedziałek, 19.01.2004
- 14:00 - Sekwencje i grafy DNA
- Jacek Błażewicz (Instytut Chemii Bioorganicznej PAN oraz Instytut Informatyki, Politechnika Poznańska)
- 15:00 - Wysokiej rozdzelczości modele siatkowe białek
- Andrzej Koliński (Wydział Chemii, Uniwersytet Warszawski)
- 16:00 - Operatory Markowa w modelach biologicznych (cz. III, kontynuacja)
- Ryszard Rudnicki (Instytut Matematyczny PAN, Oddział w Katowicach)
Spotkania w roku 2003
-
Poniedziałek, 15.12.2003
- 14:00 - Operatory Markowa w modelach biologicznych (cz. II, kontynuacja)
- Ryszard Rudnicki (Instytut Matematyczny PAN, Oddział w Katowicach)
- 15:00 - Przewidywanie struktury białek metodą dr Frankensteina
- Janusz M. Bujnicki (Międzynarodowy Instytut Molekularnej i Komórkowej Biologii, Warszawa)
- 16:00 - O pierwszym prawie genomiki. Model Markowa (kontynuacja)
- Jerzy Tiuryn (Wydział Matematyki Informatyki i Mechaniki, Uniwersytet Warszawski)
-
Poniedziałek, 24.11.2003
- 14:00 - Operatory Markowa w modelach biologicznych
- Ryszard Rudnicki (Instytut Matematyczny PAN, Oddział w Katowicach)
- 15:00 - Przewidywanie struktury białek. Jak i po co ?
- Leszek Rychlewski (BioInfoBank Institute, Poznań)
- 16:00 - O pierwszym prawie genomiki. Model Markowa
- Jerzy Tiuryn (Wydział Matematyki Informatyki i Mechaniki, Uniwersytet Warszawski)