Info

MIM UW Faculty building
Banacha 2 (entrance from Pasteura Street)
Wednesdays, 10:15-11:45
room 5820

Next seminar

26.01.2022
Bartek Wilczyński
MIMUW
Data selection for training neural networks to predict regulatory elements genome wide

Past seminars

2021/2022

Date Title Speaker Videos
19.01.2022 Risk assessment of COVID-19 pandemic resurgence in relation to SARS-CoV-2 variants and vaccination passes Krzysztof Gogolewski (MIMUW)
12.01.2022 Variational autoencoders with latent space clustering Krzysztof Koras (MIMUW)
22.12.2021 HydrAMP: a deep generative model for antimicrobial peptide discovery Marcin Możejko (MIMUW)
15.12.2021 ALGA – a new algorithm for genome assembly Sylwester Swat (Institute of Computing Science, Poznań University of Technology)
08.12.2021 CONET: Copy number event tree model of evolutionary tumor history for single-cell data Magda Markowska (MIMUW)
01.12.2021 Gene regulatory networks from single cells to resolve complex trait genetics Matthias Heinig (Helmholtz Zentrum München)
24.11.2021 Inference of Phylogenetic Networks: New Algorithmic Results Paweł Górecki (MIMUW)
17.11.2021 SIEVE: Joint Inference of Tumor Phylogeny and Variant Calling from Single-cell DNA Sequencing Data Senbai Kang (MIMUW)
10.11.2021 Evaluation of Saliency Maps for Deep Neural Networks Neo Christopher Chung (MIMUW)
03.11.2021 A pipeline for resolving complex constitutional rearrangements using long-reads sequencing technology Barbara Poszewiecka (MIMUW)
27.10.2021 HMM-based method for identifying enrichment in signal from sequencing-based experiments Anna Macioszek (MIMUW)
20.10.2021 Predicting isoelectric point and pKa dissociation constants (IPC 2.0 and Proteome-pI 2.0) Łukasz P. Kozłowski (MIMUW)
13.10.2021 Trapalyzer: A PartSeg plugin for the semi-automatic quantification of Neutrophil Extracellular Traps in fluorescence microscopic images Grzegorz Bokota (MIMUW)

2020/2021

Date Title Speaker Videos
09.06.2021 Novel Genomic Duplication Models through Integer Linear Programming Jarosław Paszek (MIMUW)
02.06.2021 Deconvoluting macromolecular organization of proteins and lipids at the cell membrane Kallol Gupta (Yale School of Medicine)
19.05.2021 Containing the COVID-19 pandemic: physical distancing and testing, vaccines and SARS-CoV-2 variants Giulia Giordano (University of Trento)
12.05.2021 MASTERMIND: Accurate Monoisotopic Mass Determination Based On Isotopic Envelope Piotr Radziński (MIMUW) Michał Startek (MIMUW)
05.05.2021 PhaseDancer: bottom-up assembler of segmental duplications from long error prone reads Barbara Poszewiecka (MIMUW)
28.04.2021 Compact data structures for bioinformatics with application to k-mer tables Gregory Kucherov (University of Marne-la-vallée)
21.04.2021 CACTUS: integrating clonal architecture with genomic clustering and transcriptome profiling of single tumor cells Shadi Shafighi (MIMUW)
14.04.2021 Celloscope: a probabilistic model for cell type deconvolution in spatial transcriptomics data Agnieszka Geras (MiNI PW)
07.04.2021 Bioinformatics in microbiome and COVID-19 research Maciej Sykulski (GenXone)
24.03.2021 BioMetaNet: Meta-Network model for human lymphoblastoid cell lines representing complete biological interactome Kaustav Sengupta (CENT UW)
17.03.2021 SIEVE: Joint inference of tumor evolutionary history and variant calling from single-cell DNA sequencing data Senbai Kang (MIMUW)
10.03.2021 Reconstruction of developmental landscapes and cell atlases from single-cell gene expression profiles Marcin Tabaka (MIMUW)
03.03.2021 SARS‐CoV‐2 Variant of Concern 202012/01 has about twofold replicative advantage Frederic Grabowski (MIMUW)
20.01.2021 Linearization of a genome sequence graph Anna Lisiecka (MIMUW)
13.01.2021 Inferring multi-way chromatin interactions from Hi-C data Aleksander Jankowski (MIMUW)
08.01.2021 Finding peaks in signals from NGS experiments using Hidden Markov Models Anna Macioszek (MIMUW)
16.12.2020 From the evolution of protein sequences to biological wonders Alessandra Carbone (Department of Computational and Quantitative Biology, Sorbonne Université and CNRS)
09.12.2020 MIND: A method to predict the unobserved monoisotopic mass from partially resolved isotope distributions in high-resolution mass spectra of intact proteins and oligonucleotides Dirk Valkenborg (Faculty of Sciences, University of Hasselt)
02.12.2020 Understanding and Shaping the Human Gut Microbiome for Health using Bioinformatics and Machine Learning Tomasz Kościółek (Jagiellonian University)
25.11.2020 Algorithms for estimating repeated DNA copies Wiktor Kuśmirek (Warsaw University of Technology) Robert Nowak (Warsaw University of Technology)
18.11.2020 Spatial tissue heterogeneity analysis in lung cancer Łukasz Rączkowski (University of Warsaw)
28.10.2020 CONET - inferring copy number changes history in cancer using low but even coverage single-cell data Magda Grynkiewicz (University of Warsaw)
28.10.2020 Deep recommender system based approach for drug sensitivity prediction Krzysztof Koras (MIMUW)
21.10.2020 Entangled biopolymers Wanda Niemyska (MIMUW)

2019/2020

Date Title Speaker Videos
10.06.2020 Deep learning approach to identification of regulatory elements in human gliomas Bartek Wilczyński (MIMUW)
03.06.2020 Increasing the applicability of conjugated polymers for organic electronics Omar Beckers (Hasselt University, Belgium)
27.05.2020 The MasSpOT - Optimal Transport for Mass Spectrometry Grzegorz Skoraczyński (MIMUW)
20.05.2020 Algorithmic problems in the quantification of solid-state NMR data of active pharmaceutical ingredients Piotr Prostko (Hasselt University, Belgium)
13.05.2020 Revised time estimation of the ancestral human chromosome 2 fusion Barbara Poszewiecka (MIMUW)
6.05.2020 SEIR and stochastic SIER models of COVID-19 epidemic in Poland Błażej Miasojedow (MIMUW)
28.04.2020 Netosis phenomenon in the light of LC-MS spectrometry Maciej Bartczak (MIMUW)
22.04.2020 Bayesian inference of copy number event trees from low-depth genome-wide single-cell data Magda Grynkiewicz (MIMUW)
15.04.2020 A mathematical model to infer tumor evolutionary history from single-cell DNA sequencing data Senbai (Ethan) Kang (MIMUW)
01.04.2020 GECCO: aligning single-cell GEnomic Clustering to tumor ClOnes Shadi Darvish Shafighi (MIMUW)
25.03.2020 K-mer content changes with node degree in promoter-enhancer network of mouse ES cells Michał Dąbrowski (Nencki Institute of Experimental Biology)
11.03.2020 CODC: A copula based model to identify differential coexpression Sumanta Ray (CWI)
04.03.2020 Insights from chromosome conformation capture data Aleksander Jankowski (MIMUW)
22.01.2020 A method for finding RNA secondary structure consensus in dot-bracket format Michał Boniecki (International Institute of Molecular and Cell Biology in Warsaw)
15.01.2020 Chemception: engineering chemical features using deep learning Piotr Rutkowski (MIMUW)
08.01.2020 Baveragine: monoisotopic peak mass prediction based on protein mass Piotr Radziński (MIMUW) Michał Startek (MIMUW)
18.12.2019 New Algorithms for Cophenetic Distances Paweł Górecki (MIMUW)
11.12.2019 Nuclear Magnetic Resonance and its applications Dariusz Maciej Pisklak (Medical University of Warsaw)
04.12.2019 Identifying peaks in signals from sequencing using Hidden Markov Anna Macioszek (MIMUW)
22.11.2019 Machine learning in molecular biology: how to understand the regulation of genes Uwe Ohler (Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine)
20.11.2019 Feature selection strategies for drug sensitivity prediction Krzysztof Koras (MIMUW)
13.11.2019 Shaping chromatin structure for development and transcriptional regulation Aleksandra Pękowska (Nencki Institute of Experimental Biology)
6.11.2019 Analysis of microdeletions in LCR-enriched regions based on long-read sequencing Zofia Grochulska (MIMUW)
23.10.2019 Read-phasing for DNA-seq based Tissue Trees Jens Lagergren (KTH Royal Institute of Technology)
16.10.2019 How is information decoded in developmental systems? Marcin Zagórski (Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej, UJ)
9.10.2019 Identification of sensitive nodes in signaling networks under random perturbation Samrat Chatterjee (Translational Health Science and Technology Institute, Faridabad)
2.10.2019 Our Research on Reliable Reinforcement Learning Jacek Cyranka (MIMUW)

2018/2019

Date Title Speaker Videos
05.06.2019 Matrix Completion Methods for Drug-Target Interaction Prediction Krisztian Buza (Department of Data Science and Engineering, Eötvös Lorand University)
29.05.2019 Elucidating The Dynamics Of Transcriptional Regulation In Cardiomyocyte Maciej Migdał (International Institute of Molecular and Cell Biology)
22.05.2019 Learning signaling networks from combinatorial perturbations by exploiting siRNA off-target effects Ewa Szczurek (MIMUW)
15.05.2019 Multiple duplication events - models and scoring functions Jarosław Paszek (MIMUW)
08.05.2019 Automated prediction of fragmentation scheme during CID Grzegorz Skoraczyński (MIMUW)
24.04.2019 Exploring synthetic lethal interactions in cancer Magdalena Grynkiewicz (MIMUW)
17.04.2019 Compressed indexes of biological sequences Katarzyna Jabłonowska (MIMUW)
10.04.2019 Towards pan-genome visualization and structural analysis Norbert Dojer (MIMUW)
03.04.2019 Using unsupervised machine learning in genomics and proteomics Neo Christopher Chung (MIMUW)
27.03.2019 Many probabilistic models are better than one: a new look into genomic/metagenomic data and functional annotation Alessandra Carbone (Laboratoire de Biologie Computationnelle et Quantitative, Sorbonne Université-CNRS)
20.03.2019 A mathematical model to infer tumor evolutionary history from single-cell DNA sequencing data Senbai Kang (MIMUW)
13.03.2019 Inferring clonal evolution of tumors from Special Transcriptomics and bulk DNA sequencing data Shadi Darvish Shafighi (MIMUW)
06.03.2019 Modelling of the breadth of expression from promoter architectures identifies pro-housekeeping transcription factors Łukasz Huminiecki (IGHZ PAN)
27.02.2019 Deriving statistical potential for RNA 3D structure prediction Michał Boniecki (IIMCB)
23.01.2019 Identification of long range chromatin contacts in Hi-C maps Irina Tuszynska (MIM UW)
16.01.2019 Inferring time consistent and well supported horizontal gene transfers Agnieszka Mykowiecka (MIM UW)
09.01.2019 Improving mapping with contigs assembly Anna Macioszek (MIM UW)
19.12.2018 Modeling drug efficacy in cancer Krzysztof Koras (MIM UW)
12.12.2018 Glioma brain regulatory atlas construction and characterization Magdalena Machnicka (MIM UW)
05.12.2018 Differential analysis of Hi-C data Rafał Zaborowski (MIM UW)
28.11.2018 Application of modern sequencing technologies in detection and clinical evaluation of structural variants Barbara Poszewiecka (MIM UW)
21.11.2018 Finding differentially expressed sequences in metatranscriptomic data Julia Herman-Iżycka (MIM UW)
14.11.2018 Matrix decomposition methods in the context of transcriptomic data Krzysztof Gogolewski (MIM UW)
07.11.2018 Modeling cell metabolism using linear programming and Petri Nets Grzegorz Bokota (MIM UW)
31.10.2018 Transactivation domains in proteins & future plans for MIMUW work Łukasz Kozłowski (MIM UW)
17.10.2018 Genome-wide real-time in vivo transcriptional dynamics during Plasmodium falciparum blood-stage development Neo Christopher Chung (MIM UW)
17.10.2018 The Wasserstein Distance As A Dissimilarity Measure For Tandem Mass Spectra Michał Ciach (MIM UW)

2017/2018

Date Title Speaker Videos
23.05.2018 Solving the interacting paralogue problem by sequence coevolution Aleksandra Jarmolińska (CENT and MIM UW)
16.05.2018 Exploring synthetic lethality and gene dependence in cancer cell line and cancer patient data Magdalena Budzińska (MIM UW) Magdalena Grynkiewicz (MIM UW)
09.05.2018 TADeus - tool for clinical evaluation of chromosomal rearrangements that alter chromatin organization Barbara Poszewiecka (MIM UW)
25.04.2018 Automated Study of Gene Regulatory Networks via Regulatory Modules Clémence Réda (MIM UW)
18.04.2018 Cerebral microbleeding identification via convolutional neural network and advanced pooling techniques Yudong Zhang (Department of Informatics, University of Leicester)
11.04.2018 Mapping and comparing huge sequencing data Sebastian Deorowicz (Silesian University of Technology)
04.04.2018 A review of selected topics from mass spectrometry and organic chemistry (part I) Michał Ciach (MISDoMP)
21.03.2018 A review of selected topics from mass spectrometry and organic chemistry (part I) Michał Ciach (MISDoMP)
07.03.2018 The mode a'posteriori in the Chinese Restaurant Process model - a tasty, bayesian method for clustering Łukasz Rajkowski (MIM UW)
28.02.2018 Predictive modeling and optimization of drug combinations Katarzyna Jabłonowska (MIM UW)
24.01.2018 Modeling drug efficacy in cancer Krzysztof Koras (MIM UW)
17.01.2018 Multi-class texture analysis in colorectal cancer histology using Deep Learning and Variational uncertainty estimation Marcin Możejko (MIM UW)
10.01.2018 De-novo DNA assembly for repeating sequences Robert Nowak (Warsaw University of Technology)
20.12.2017 Functional impact of structural rearrangements on chromatin organization and transcriptional regulation Aleksander Jankowski (EMBL, Heidelberg)
13.12.2017 Unbiased estimation of allelic expression from RNA-seq Szymon Kiełbasa (Leiden University Medical Center)
06.12.2017 Phylogenetic mediantrees Oliver Eulenstein (Iowa State University)
29.11.2017 Mining cancer genomic data Ewa Szczurek (MIM UW)
22.11.2017 Unsupervised methods in the analysis of single cell transcriptomic data - review Krzysztof Gogolewski (MIM UW)
15.11.2017 An algebraic characterization of deep coalescence Jerzy Tiuryn (MIM UW)
08.11.2017 Biologically sound formal model of heat shock response in HeLa cells Weronika Wronowska (Faculty of Biology UW)
25.10.2017 Where mathematical theory meets biological mystery: protein knots and links Aleksandra Jarmolińska (CeNT UW) and Wanda Niemyska (MIM UW)
18.10.2017 Efficient mass-sampling from descrete distributions Michał Startek (MIM UW)
11.10.2017 SimRNA: a Coarse-Grained Method for RNA Folding Simulations and 3D Structure Prediction Michał Boniecki (International Inst. of Mol. and Cell Biol.)
04.10.2017 All participants Short organizational meeting

2016/2017

Date Title Speaker Videos
07.06.2017 New results on gene duplications Paweł Górecki (MIM UW)
31.05.2017 On transcriptomic and metabolomic data analysis - bladder cancer case study Krzysztof Gogolewski (MIM UW)
24.05.2017 DNA methylation impact on the glioma patients overall survival Michał J. Dąbrowski (IPI PAN)
17.05.2017 Deconvoluting Amounts of Stuff Knowing Some Things about Them Using Hype Bayesian Magic and How It Can be Used To Analyze Mass Spectrometry Data Mateusz Łącki (MIM UW)
10.05.2017 Separating evolutionary histories of different loci in a gene tree Michał Ciach (MIM UW)
26.04.2017 Epistasis in genomic and survival data of cancer patients Dariusz Matlak (MIM UW)
12.04.2017 Genome-wide modelling of cell-type specific gene expression patterns in Drosophila Bartek Wilczyński (MIM UW)
05.04.2017 Challenges of formal modelling of chromatin openness and TF binding from DNase-seq data using probabilistic graphical networks Agata Charzyńska (Nencki Institute)
29.03.2017 Life as computation Sara Jane Dunn (Microsoft Research Cambridge)
22.03.2017 Approximating algorithms on semirings by extrapolating moments via fast algorithms on Lp spaces Olivier Serang (Institute of Computer Science / Freie Universität Berlin)
15.03.2017 Restoring biological information from high resolution microscopy Grzegorz Bokota (MIMUW, CENT)
08.03.2017 Chromatin - structure and functions Jacek Patryn (MISDoMP)
01.03.2017 Metody komputerowe przewidywania struktury białek Magdalena Mozolewska (IPI PAN)
25.01.2017 Reproducibility in Biomedical Sciences - Big Data perspective Wladek Minor (University of Virginia, School of Medicine)
18.01.2017 k-mer-based analysis of microbiome RNA-seq data Julia Herman-Iżycka (MIM UW)
11.01.2017 Efficient Algorithms for Genomic Duplication Models Jarosław Paszek (MIM UW)
Inferring gene-species assignments in the presence of horizontal gene transfer Agnieszka Mykowiecka (MIM UW)
21.12.2016 Christmas wishes, poppy-seed cake and cheesecake! All Participants (MIM UW and friends)
14.12.2016 SVM tree kernels for prediction of organic reaction yields Grzegorz Skoraczyński (MIM UW)
07.12.2016 Statistical significance of Tanimoto/Jaccard similarity coefficients to compare binary fingerprints Neo Christopher Chung (MIM UW)
30.11.2016 Tracing nucleosomal organization - accessible occupancy and cell-dependent expression of histone variants Jakub Mieczkowski (Neurobiology Center, Nencki Institute of Experimental Biology)
23.11.2016 ETDetective: Cleavage scene investigation Michał Ciach (MIM UW)
16.11.2016 CONSTANd: A Normalization Method for Isobaric Labeled Spectra by Constrained Optimization Dirk Valkenborg (Hasselt University/VITO, Belgium)
Masstodon: a tool for modeling electron transfer reactions in mass spectrometry-based protein analysis Frederik Lermyte (Antwerp University, Belgium)
09.11.2016 Comparing gene and species trees: overview of recent results Paweł Górecki (MIM UW)
02.11.2016 Multi-scale analysis of the mechanism of C2 ceramide induced cell death Weronika Wronowska (Faculty of Biology, UW)
26.10.2016 On the influence of environmental pressure on transposable elements dynamics - experimental and computational study Agnieszka Gromadka (MIM UW) Krzysztof Gogolewski (MIM UW)
19.10.2016 Challanges of modern chemoinformatics Michał Startek (MIM UW, IChO PAN)
12.10.2016 Energy partitioning during plant growth and acclimation Mateusz Łącki (MIM UW)
05.10.2016 Interaction within co-chaperon system Magdalena Mozolewska (IPI PAN)

2015/2016

Date Title Speaker Videos
20.05.2016 Powstanie złożonych komórek eukariotycznych, czyli czego można się dowiedzieć dzięki bioinformatycznej analizie metagenomu z dna oceanu Katarzyna Zaremba-Niedźwiedzka (Biomedical Centre, Uppsala University)
18.05.2016 Cellular model for analysis of complex gene interactions during transcriptional response of plants to environmental stress Anna Fogtman (IBB PAN)
11.05.2016 Describing tertiary RNA structure with local spatial motifs Agnieszka Mykowiecka (MIM UW)
04.05.2016 Seminar cancelled
27.04.2016 From explicit to implicit solvent models: dealing with pecullar hydration effects Piotr Setny (MIM UW)
20.04.2016 Selected approaches for developing miRNA, mRNA and methylation signatures with application to the TCGA data Kornel Kiełczewski (MiNI PW)
13.04.2016 Computational methods in mass spectrometry and chemoinformatics Michał Startek (MIM UW)
06.04.2016 Mixture Gaussian Markov Fields in applications Maciek Sykulski (WUM)
30.03.2016 Inferring molecular processes heterogeneity from transcriptional data Krzysztof Gogolewski (MIM UW) Weronika Wronowska (MIM UW)
23.03.2016 Białka przy powierzchniach Marek Cieplak (IF PAN)
16.03.2016 A challange of a priori classification of organic reactions yields and duration Grzegorz Skoraczyński (MIM UW)
09.03.2016 Clip-Seq data analysis methods Magda Machnicka (MIM UW)
02.03.2016 Stimulation of pro-metastatic properties of ovarian cancer cells Agnieszka Lech (MiSDoMP)
03.02.2016 Seminar cancelled due to the winter exams session
27.01.2016 Ion, like a lion, in Zion: on inferring ion-ion reaction constants in Mass Spectrometry Mateusz Łącki (MIM UW)
20.01.2016 Discrete reactive systems and pest control Marcin Przybyłko (MIM UW and ERIM UNC)
13.01.2016 Analysis of the gut microflora of mice Ilona Grabowicz (MIM UW)
07.01.2016 Analysis of chromatin organization using Hi-C data Aleksander Janowski (EMBL Heidelberg)
16.12.2015 Modeling tissue-specific gene regulation Paweł Bednarz (MIM UW)
09.12.2015 Genomic duplication problems for unrooted gene trees Jarosław Paszek (MIM UW)
02.12.2015 Deconvoluting off-target confounded RNA interference screens Ewa Szczurek (MIM UW)
25.11.2015 Multiscale analysis of ceramide influence on neuroblastoma cell lines Weronika Wronowska1; Krzysztof Gogolewski2 (1Wydział Biologii UW, 2MIM UW)
18.11.2015 Chromatin structure based on Monte Carlo simulations and String and Binders Switch model Irina Tuszyńska (MIM UW)
11.11.2015 Non-working day: National Independence Day
04.11.2015 Identification of enhancers and distinguishing them from promoters - a machine learning approach Julia Herman-Iżycka (MIM UW)
28.10.2015 Statistical Inference of Variables Driving Systematic Variation in Large-Scale Genomics Data Neo Christopher Chung (Wroclaw University of Life Science)
21.10.2015 Comparative analysis of Hi-C contact maps Rafał Zaborowski (MIM UW)
14.10.2015 3D Genome organization and Gene Transcription Regulation in Human Cell. Note: Seminar will take place in lecture hall 00.142, CeNT I building, Banacha 2c street, at 10:00 o'clock Yijun Ruan (The Jackson Laboratory for Genomic Medicine)
07.10.2015 Top-down or bottom-up? On segmentation of Hi-C contact matrices Bartek Wilczyński (MIM UW)
30.09.2015 Data science at VITO’s health department Jef Hooyberghs (Flemish Institute for Technological Research)

2014/2015

Date Title Speaker Videos
03.06.2015 The role of Insulators in tissue-specific gene repression Paweł Bednarz (MIM UW)
27.05.2015 The model of metastasis formation and its utility in the clinic Ewa Szczurek (MIM UW)
20.05.2015 Efficient isotopic fine structure generator Mateusz Łącki (MIM UW) Michał Startek (MIM UW)
13.05.2015 Powierzchnie minimalne w badaniu struktury topologicznej białek Wanda Niemyska (UŚ i Wydz. Chemii UW)
06.05.2015 Playing with RRBS data (Reduced representation bisulfite sequencing), unbalanced designs and R package "methylKit" Przemysław Biecek (ICM UW)
29.04.2015 Tadpoles: new entangled motifs in proteins Joanna Sułkowska (Faculty of Chemistry, UW)
22.04.2015 Information flow in signal transduction pathways Michał Komorowski (IPPT PAN)
15.04.2015 Seminar cancelled due to the RECOMB 2015 conference
08.04.2015 DNA mechanics in mammalian genomes Damian Wójtowicz (NCBI, NLM, NIH)
01.04.2015 Data analysis and modeling in human genomics Maciej Sykulski (Laboratoire d'Informatique Gaspard-Monge, University Paris-Est)
25.03.2015 Tissue-specific metabolic modeling Weronika Wronowska (MIM UW and Faculty of Biology, UW)
18.03.2015 Influence of FTO and IRX3 genes on predisposition to obesity Ilona Grabowicz (MIM UW)
11.03.2015 Modelling the evolution of mobile genetic elements Michał Startek (MIM UW)
04.03.2015 Tree reconciliation: theory and applications Paweł Górecki (MIM UW)
25.02.2015 Hubness-aware data mining and its biomedical applications Krisztian Buza (Semmelweis University, Budapest, Hungary)
21.01.2015 Integrative computational model for tissue specific gene regulation Paweł Bednarz (MIM UW)
14.01.2015 K-nearest neighbors estimator for mutual information used as sensitivity measure Agata Charzyńska (IPI PAN and MIM UW)
07.01.2015 Machine learning approaches to predict mammalian enhancers Julia Herman-Iżycka (MIM UW)
17.12.2014 Review of phylogenetic networks Agnieszka Mykowiecka (MIM UW)
10.12.2014 A few comments on the proliferation of transposable elements in sexual populations Krzysztof Gogolewski (MIM UW)
03.12.2014 Cellular resources management: the case of mitochondria Agnieszka Chacińska (Int. Inst. of Molecular and Cell Biology)
26.11.2014 Co-expression analysis of Hi-C topological domains Rafał Zaborowski (MIM UW)
19.11.2014 Sphingolipids in cancer development - studies using "The Cancer Genom Atlas" Weronika Wronowska (MIM UW and Faculty of Biology UW)
12.11.2014 Network of Organic Chemistry (literature review). Piotr Dittwald (MIM UW and IChO PAN)
05.11.2014 A few comments on Multiple Gene Duplication Problems Jarosław Paszek (MIM UW)
29.10.2014 Modelling Fine Structure of Mass Spec Results (Presentation) Mateusz Łącki (MIMUW)
22.10.2014 Computational aspects of the presence of drug resistance mechanisms Michał Woźniak (MIM UW)
15.10.2014 Stochastic regulatory networks in space Bartek Wilczyński (MIM UW)
08.10.2014 , MOCCA: accurate identification of transcription factor footprints by modeling DNase I cut profiles Aleksander Jankowski (MIM UW)
01.10.2014 Organisation of the work

2013/2014

Date Title Speaker Videos
04.06.2014 Detection of drug resistance-associated mutations in bacteria Michał Woźniak (MIM UW)
28.05.2014 Molecular networks in a systems approach to disease Janusz Dutkowski (Data4Cure/UCSD)
Molecular networks in a systems approach to disease. Aleksander Jankowski (MIMUW)
14.05.2014 Seemingly similar - heterogeneity of bladder cancer Weronika Wronowska (MIM UW)
07.05.2014 Treatment discovery: human malaria and vector-borne diseases endemic in the tropics Victor Osamor (MIM UW)
30.04.2014 Assisted genome assembly for the analysis of ChipSeq data Krisztián Buza (MIM UW)
23.04.2014 Comprehensive analysis of knotted proteins from folding to function Joanna Sułkowska (CENT & Faculty of Chemistry UW)
16.04.2014 Gene Expression Classification of Bladder Cancer into Molecular Subtypes Maciej Sykulski (MIMUW)
09.04.2014 On the existence and stability of equilibrium probability measures in Gaussian mutator models with environmental stress within Fisher's geometric framework Michał Startek (MIMUW)
02.04.2014 Further Inquiries Into Electron Transfer Dissociation with MassTodon Slides Mateusz Łącki (MIMUW)
26.03.2014 Diameters of Reconciliation Paweł Górecki (MIMUW)
19.03.2014 D2N: Prediction of Distance-to-Native of protein structure using Physicochemical properties and Machine Learning Models Prashant Singh Rana (Indian Institute of Technology, Delhi)
12.03.2014 The influence of noise characteristics on the relative stability of attractors in bistable biochemical systems Joanna Jaruszewicz (IPPT PAN)
05.03.2014 Multi-parameter sensitivity analysis based on the information theoretical measure Agata Charzyńska (IPI PAN)
26.02.2014 The systemic regulation of eukaryotic genes based on spatial chromatin organization Jacek Patryn (MISDoMP)
19.02.2014 Nucleotide-resolution DNA double-strand breaks mapping by next-generation sequencing Norbert Dojer (MIMUW)
22.01.2014 A few comments on Sibelia: a tool for finding synteny blocks in multiple closely related microbial genomes using iterative de Bruijn graphs Jarosław Paszek (MIMUW)
15.01.2014 About NIPS conference Krisztian Buza (MIMUW)
08.01.2014 Analysis of Non-allelic homologous recombination mediated by LINEs Michał Startek (MIMUW)
18.12.2013 Enigmatic nature of sphingolipids Weronika Wronowska (MIMUW)
11.12.2013 A few comments on isotopic distribution: aggregated and fine structure approaches; application in lipid/peptide classification Piotr Dittwald (MIMUW)
04.12.2013 Mass spectrometry analysis of proteins using Electron Transfer Dissociation: statistical model Slides Mateusz Łącki (MIMUW)
27.11.2013 MIND: a soft-sensor to improve mass accuracy in high-resolution top-down proteomics Dirk Valkenborg (Hasselt University/VITO, Belgium)
Mass spectrometry analysis of proteins using Electron Transfer Dissociation Frederik Lermyte (Antwerp University, Belgium)
20.11.2013 Spatial, stochastic, rule-based modeling of cellular signaling pathways Marek Kochanczyk (IPPT PAN)
13.11.2013 Tracing evolution of gene families Jerzy Tiuryn (MIMUW)
06.11.2013 Transcription factor dimers: prediction and structural insights Aleksander Jankowski (MIMUW)
30.10.2013 Recent literature review Bartek Wilczyński (MIMUW)
23.10.2013 Diameters of reconciliation costs functions Paweł Górecki (MIMUW)
16.10.2013 Signaling pathway modeling and model analysis on the example of the ceramides metabolism Agata Charzyńska (MIMUW & IPI PAN)
09.10.2013 eCAMBer: efficient support for large-scale comparative analysis of multiple bacterial strains Michał Woźniak (MIMUW)
02.10.2013 Organisation of the work

2012/2013

Date Title Speaker Videos
5.6.2013 Modelling the evolution of transposable elements Arnaud le Rouzic (CNRS, Gif-sur-Yvette)
22.5.2013 BioHealth Computing Program Agata Charzynska (IPI PAN) i Weronika Wronowska (Wydz. Biol. UW) Modeling sphingolipid metabolism. ; Philippe Sabatier (Université Joseph Fourier Grenoble)
22.5.2013 Analysis of variance, data visualisation and multiple hypothesis testing in the identification of splicing events in Arabidopsis Przemysław Biecek (MIM UW)
15.5.2013 The problem of disovering differential regulatory elements between cell types Paweł Bednarz (MIM UW)
8.5.2013 Assisted Genome Assembly: An introduction and initial results Krisztian Buza (MIM UW)
24.4.2013 Parallel tempering algorithm - theory and applications Mateusz Łącki (MIM UW)
17.4.2013 Interesting papers from RECOMB 2013, a subjective review Bartek Wilczyński (MIM UW)
10.4.2013 Chromatin remodeling, a key process in regulation of global genome expression Jacek Patryn (IBB PAN, Warszawa)
3.4.2013 SimRNA: program for RNA folding simulations Michał Boniecki (IIMCB, Warszawa)
27.3.2013 Metaheuristic Algorithm Applications for the NMR Protein Structure-Based Assignment Problem Murodzhon Akhmedov (Sabanci University, Istanbul)
20.3.2013 Maximizing Deep Coalescence Cost Paweł Górecki (MIM UW)
13.3.2013 Maximum entropy models of biological data Thierry Mora (Laboratoire de Physique Statistique, Ecole Normale Supérieure)
6.3.2013 Quantifying immune receptor diversity Aleksandra Walczak (Laboratoire de Physique Théorique, Ecole Normale Supérieure)
27.2.2013 Comparative analysis of regulatory networks in plants Torgeir Hvidsten (Norwegian University of Life Sciences)
20.2.2013 A Markov-chain-based regression model for the analysis of high-resolution enzymatically 18O-labeled mass spectra Dirk Valkenborg (Flemish Institute of Technology vito.be)
23.1.2013 How cells do statistics? Inference, signal transduction and experimental design Michał Komorowski (IPPT PAN)
16.1.2013 Estimation of telomere lengths from whole-genome-sequencing data Szymon Kiełbasa (Bioinformatics Center of Expertise, Leiden University Medical Center)
9.1.2013 Bioinformatyczne narzędzia wykrywania transpozonów Michał Startek (MIM UW)
19.12.2012 Variance decomposition in biomolecular models of signaling pathways Agata Charzyńska (IPI PAN)
12.12.2012 Przewidywanie funkcjonalnych elementów DNA na podstawie danych Chip-Seq Joanna Giemza i Paweł Bednarz (MIM UW)
5.12.2012 Uliniowienie wielu sekwencji przez klastrowanie residuów Norbert Dojer (MIM UW)
28.11.2012 Porównanie bibliotek: Jaspar, Transfac i Genomatics, w oparciu o dane chip-seq dla 44 czynników transkrypcyjnych" Michał Dąbrowski (Instytut Biologii Doświadczalnej PAN im. Nenckiego)
21.11.2012 Signal extraction and statistical modelling of peptide-centric mass spectrometry data Tomasz Burzykowski (Center for Statistics, Hasselt University)
14.11.2012 Cukrzyca ciężarnych - możliwości zastosowania metod uczenia maszynowego w prognostyce Grzegorz Napiórkowski (II Katedra i Klinika Położnictwa i Ginekologii WUM)
7.11.2012 Rola nukleaz w metabolizmie RNA u eukariota Andrzej Dziembowski (IBB PAN)
30.10.2012 Metryki dla drzew filogenetycznych oparte na skojarzeniach w grafie podziałów drzewa Jarosław Paszek (MIM UW)
24.10.2012 Za dużo, za mało, w sam raz... Analiza architektury genomu człowieka pod względem potencjalnych miejsc powstawania nawracających delecji i duplikacji Piotr Dittwald (MIM UW)
17.10.2012 Modelowanie jednorodnych układów reakcji biochemicznych: przykłady i technologie Mikołaj Rybiński (MIM UW i IMDiK)
10.10.2012 Stochastyczne modele ekspresji genów - co możemy wymodelować i pomierzyć eksperymentalnie? Jan Poleszczuk (MIM UW)

2011/2012

Date Title Speaker Videos
06.06.2012 Modelowanie skuteczności leczenia opartego na hipertermii Mikołaj Rybiński (MIM UW)
30.05.2012 Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych Aleksander Jankowski (MIM UW)
16.05.2012 Widespread cooperative binding of mammalian transcription factor complexes in vivo Shyam Prabhakar (Genome Institute of Singapore)
09.05.2012 Kombinatoryczne stosowanie leków: przegląd literatury i baz danych Michał Woźniak (MIM UW)
25.04.2012 O transpozonach raz jeszcze Michał Startek (MIM UW)
18.04.2012 O uzgadnianiu drzew raz jeszcze Paweł Górecki (MIM UW)
04.04.2012 Mocne i słabe strony metod rekonstrukcji sieci zależności genowych Robert Szczelina (Instytut Informatyki UJ)
28.03.2012 Histon łącznikowy H1 u Arabidopsis thaliana Magdalena Kroteń (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN)
21.03.2012 Evolution of drug resistance and compensatory mutations: literature review Michał Woźniak (MIM UW)
14.03.2012 Inverted low-copy repeats and genome instability – a genome-wide approach Piotr Dittwald (MIM UW)
07.03.2012 Nowe techniki badania dostępności chromatyny: przegląd literatury Aleksander Jankowski (MIM UW)
29.02.2012 Jak reprezentować stan chromatyny w komputerze: przegląd literatury Bartek Wilczyński (MIM UW)
22.02.2012 Ogólne podejście do uzgadniania drzew genów z drzewami gatunków Jerzy Tiuryn (MIM UW)
15.02.2012 Przedstawienie pracy „Detecting Novel Associations in Large Data Sets”, David N. Reshef et al., Science (2011) Przemysław Biecek (MIM UW)
18.01.2012 Efektywne mapowanie odczytów z sekwencera zawierających błędy Norbert Dojer (MIM UW)
11.01.2012 Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych Aleksander Jankowski (MIM UW)
04.01.2012 Modelowanie danych spektrometrycznych (algorytm do liczenia obwiedni izotopowych) Piotr Dittwald (MIM UW)
21.12.2011 Analiza globalnych zmian transkryptomu komórek T87 Arabidopsis thaliana w odpowiedzi na stres abiotyczny Marta Prymakowska-Bosak (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN)
14.12.2011 Statistics for dynamical models of biochemical systems Michał Komorowski (Instytut Podstawowych Problemów Techniki PAN)
07.12.2011 Predykcja oporności na antybiotyki w bakteriach na podstawie sekwencji genomowych Michał Woźniak (MIM UW)
30.11.2011 Nowe algorytmy dla uzgadniania nieukorzenionych drzew genów i ukorzenionych drzew gatunków Paweł Górecki (MIM UW)
23.11.2011 Baza danych TRAM – łatwy dostęp i integracja danych użytkownika z Ensembl funcgen Michał Dąbrowski (Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN)
16.11.2011 Toward bridging the gap between genotype and phenotype – systems biology approach Teresa Przytycka (National Center for Biotechnology Information, Bethesda, Maryland, USA)
09.11.2011 Chwytanie obszarów regulatorowych na gorącym uczynku w sieci Bayesowskie Bartek Wilczyński (MIM UW)
02.11.2011 CAMBer: an approach to support comparative analysis of multiple bacterial strains Michał Woźniak (MIM UW)
26.10.2011 Predicting cell type-specific transcription factor cooperative binding Aleksander Jankowski (MIM UW)
19.10.2011 Odtwarzanie interakcji chromatyny na podstawie danych o modyfikacjach histonów Łukasz Bieniasz-Krzywiec (MIM UW)
12.10.2011 Komórkowo-swoisty mechanizm apoptozy indukowanej przez stres Wiesława Widłak (Centrum Badań Translacyjnych i Biologii Molekularnej Nowotworów, Instytut Onkologii, Oddział w Gliwicach)
05.10.2011 Modeling genetic interactions in cancer Ewa Szczurek (Max Planck Institute for Molecular Genetics)

2010/2011

Date Title Speaker Videos
01.06.2011 Simulating stochastic cell populations Bartek Wilczyński (MIM UW)
25.05.2011 Finding transcription factors involved in development by motif enrichment in enhancers targeted by feed-forward regulation Bartek Wilczyński (MIM UW)
18.05.2011 Alignment of protein structures Paweł Daniluk (Wydział Fizyki UW oraz Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej PAN)
11.05.2011 Genomic hypomethylation in the human germline associates with structural mutability in the human genome Anna Gambin (MIM UW)
04.05.2011 Physicochemical features of aminoglycoside modifying enzymes oraz Yet another clustering method for molecular dynamics simulations' data Julia Romanowska (ICM UW)
20.04.2011 Selected papers from RECOMB 2011 Przemysław Biecek (MIM UW)
13.04.2011 Text indexes and sequencing read mapping Norbert Dojer (MIM UW)
06.04.2011 Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych Paweł Górecki (MIM UW)
30.03.2011 Finding transcription factors involved in development by motif enrichment in enhancers targeted by feed-forward regulation Bartek Wilczyński (MIM UW)
23.03.2011 The determinants of nucleosome organisation Aleksander Jankowski (MIM UW oraz Genome Institute of Singapore)
16.03.2011 Optimal signal detection and signal estimation from next-gen sequence tag profiles Shyam Prabhakar (Genome Institute of Singapore)
09.03.2011 Rhythmic diel pattern of gene expression in maize – nocturnal life of plants Paweł Sowiński (Wydział Biologii UW)
02.03.2011 Design of experiments and genomic data analysis in array-based CGH technology Tomasz Gambin (Wydział Elektroniki i Technik Informacyjnych, Politechnika Warszawska)
23.02.2011 Selected papers from the computational statistics conference Neural Information Processing Systems (NIPS) Przemysław Biecek (MIM UW)
16.02.2011 Semantic Internet for bioinformatics – state of the art and perspectives Maciej Sykulski (MIM UW)
19.01.2011 Sequencing: from first to third generation. An overview Jerzy Tiuryn (MIM UW)
12.01.2011 Comparative analysis of aminoglycosidic antibiotics' binding sites Julia Romanowska (Wydział Fizyki UW oraz ICM UW)
05.01.2011 Global methods of chromatine mapping in the studies of functional organization of genomes Andrzej Jerzmanowski (Wydział Biologii UW oraz IBB PAN)
15.12.2010 Model-based testing for heterogenity of the cell membrane receptors Mikołaj Rybiński (MIM UW)
08.12.2010 Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych Paweł Górecki (MIM UW)
01.12.2010 Odkrywanie kombinatorycznych kompleksów białkowych Janusz Dutkowski (Departments of Medicine and Bioengineering, University of California, San Diego)
24.11.2010 Analiza statystyczna układu nerwowego Caenorhabditis elegans Piotr Dittwald (MIM UW)
17.11.2010 Dynamika amplifikacji transpozonów roślinnych Michał Startek (MIM UW)
10.11.2010 Programming scientific data pipelines with the Taverna workflow management system Paolo Missier (School of Computer Science, University of Manchester)
03.11.2010 Bi-billboard: symetryzacja i odpowiedni wybór gatunku referencyjnego poprawiają predykcje elementów regulatorowych Norbert Dojer (MIM UW)
27.10.2010 Korekcja błędów w modelu drzew uzgadniających Paweł Górecki (MIM UW)
20.10.2010 Uzgadnianie anotacji genomów blisko spokrewnionych szczepów bakterii Jerzy Tiuryn (MIM UW)
13.10.2010 Usługi sieciowe Taverny do analizy modeli systemów biologicznych Mikołaj Rybiński (MIM UW)
06.10.2010 Przegląd referatów z konferencji useR2010 Przemysław Biecek (MIM UW)

2009/2010

Date Title Speaker Videos
02.06.2010 Semi-supervised learning: teoria, oprogramowanie i przykłady zastosowania do danych biologicznych na podstawie pracy Szczurek et al. 2010 Przemysław Biecek (MIM UW)
26.05.2010 Flipping the switch on stress tolerance ABI1 PP2C functional association network Agnieszka Ludwikow (Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii, Uniwersytet Adama Mickiewicza, Poznań)
19.05.2010 Modelowanie ewolucji transpozonów roślinnych Michał Startek (MIM UW)
12.05.2010 Biophysical modeling of ChIP-seq data reveals complexity of protein-DNA binding in vivo Shyam Prabhakar (Genome Institute of Singapore)
05.05.2010 Przewidywanie miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych w obecności nukleosomów Aleksander Jankowski (MIM UW)
28.04.2010 Model proteolizy uwzględniający czas Bogusław Kluge (MIM UW)
21.04.2010 Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych Maciej Sykulski (MIM UW)
14.04.2010 Odkrywanie deregulacji genów poprzez eksperymenty perturbacyjne Ewa Szczurek (Max Planck Institute for Molecular Genetics oraz MIM UW)
31.03.2010 Porównanie ośmiu szczepów M. tuberculosis w obecności danych o oporności na leki Michał Woźniak (MIM UW)
24.03.2010 Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych Bogusław Kluge (MIM UW)
17.03.2010 Gromadzenie, analiza i wnioskowanie z danych aCGH - mikromacierze DNA Maciej Sykulski (MIM UW)
10.03.2010 Jakościowa predykcja ekspresji genów w modelu probabilistycznym Bartek Wilczyński (MIM UW)
03.03.2010 Kompleksy przebudowujące chromatynę u roślin – stan wiedzy na dziś i perspektywy badań Andrzej Jerzmanowski (Wydział Biologii UW oraz IBB PAN)
24.02.2010 Modelowanie procesu proteolizy Anna Gambin (MIM UW)
17.02.2010 Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych Norbert Dojer (MIM UW)
20.01.2010 Analiza danych genomicznych oparta na teorii informacji Magdalena Rowicka (Sealy Center for Molecular Medicine, University of Texas Medical Branch at Galveston)
13.01.2010 Topology of PPI Networks – Applications and Questions Limsoon Wong (National University of Singapore)
06.01.2010 Maksymalizacja wiarygodności w modelu drzew uzgadniających Paweł Górecki (MIM UW)
16.12.2009 Analiza porównawcza globalnych wzorów wiązania czynnika transkrypcyjnego HSF1 i profili ekspresji genów swoistych dla hepatocytów i spermatocytów Wiesława Widłak (Instytut Onkologii, Gliwice)
09.12.2009 Dane molekularne dla M. tuberculosis i możliwości ich wykorzystania do walki z opornością na leki Michał Woźniak (MIM UW)
02.12.2009 Od danych chip-seq do profilu wiązania czynnika transkrypcyjnego - kontynuacja Aleksander Jankowski (MIM UW)
25.11.2009 Od danych chip-seq do profilu wiązania czynnika transkrypcyjnego Aleksander Jankowski (MIM UW)
18.11.2009 Niejednorodność receptorów na membranie komórkowej Mikołaj Rybiński (MIM UW)
04.11.2009 Analiza drzew o poetykietowanych liściach w kontekście problemu konkurujących hipotez ewolucyjnych Jakub Koperwas (Instytut Informatyki, Politechnika Warszawska)
28.10.2009 Modelowanie procesu amplifikacji retrotranspozonów rodziny Alu Michał Startek (MIM UW)
21.10.2009 Omówienie prac z konferencji RECOMB Comparative Genomics 2009 Norbert Dojer (MIM UW)
14.10.2009 Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych Janusz Dutkowski (MIM UW)
07.10.2009 Badania nad powstawaniem oporności M. tuberculosis na leki Michał Woźniak (MIM UW)

2008/2009

Date Title Speaker Videos
03.06.2009 Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych Przemysław Biecek (MIM UW)
27.05.2009 Algebraiczne metody budowania cech obiektów - zastosowania w problemie klasyfikacji (na podstawie prac Risi Kondora) Bogusław Kluge (MIM UW)
20.05.2009 Predicting transcription factor binding to the human genome in the era of high-throughput sequencing Shyam Prabhakar (Genome Institute of Singapore)
13.05.2009 Kryterium wyboru modelu w wybranym problemie regresji na przykładzie analizy danych biologicznych i medycznych Przemysław Biecek (MIM UW)
06.05.2009 Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych Anna Gambin (MIM UW)
29.04.2009 Przewidywanie położeń nukleosomów na nici DNA Aleksander Jankowski (MIM UW)
22.04.2009 Metoda EM w zastosowaniu do klasyfikacji interakcji w sieciach oddziaływań białko-białko Janusz Dutkowski (MIM UW)
08.04.2009 Analiza danych pochodzących z sekwencjonerów nowej generacji Norbert Dojer (MIM UW)
01.04.2009 Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych Janusz Dutkowski (MIM UW)
25.03.2009 Bifurkacje w systemach dynamicznych: omówienie podstawowych typów, przykłady zastosowań w biologii systemów Andrzej Mizera (Abo Akademi University & Turku Centre for Computer Science, Turku, Finlandia oraz IPPT PAN)
18.03.2009 Discovering and modelling recurrent and non-recurrent rearrangements in human genome Maciej Sykulski (MIM UW)
11.03.2009 Czy neuroinformatyka to coś dla informatyka? Daniel Wójcik (Instytut Biologii Doświadczalnej im. Neckiego, PAN)
04.03.2009 Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych Bogusław Kluge (MIM UW)
18.02.2009 Algorytmy agregacji rankingów Anna Gambin (MIM UW)
14.01.2009 Ziarna podzbiorowe w algorytmie BLAST - zastosowanie i optymalizacja Michał Startek (MIM UW)
07.01.2009 Odkrywanie koewoluujących pozycji w białkach Damian Wójtowicz (MIM UW oraz NCBI, NLM, NIH, Bethesda, MD, USA)
17.12.2008 Dyskretne i niedyskretne modele sieci neuronów Winfried Just (Dept. of Math., Ohio University, Athens, USA)
10.12.2008 Niezmienniki filogenetyczne (na podstawie rozdziału z książki Reconstructing Evolution) Bogusław Kluge (MIM UW)
03.12.2008 Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych Paweł Górecki (MIM UW)
26.11.2008 Analiza wrażliwości układów reakcji biochemicznych (kontynuacja) Mikołaj Rybiński (MIM UW)
19.11.2008 Analiza wrażliwości układów reakcji biochemicznych Mikołaj Rybiński (MIM UW)
12.11.2008 Modelowanie motywów przy użyciu cech charakterystycznych Aleksander Jankowski (MIM UW)
5.11.2008 Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych Jerzy Tiuryn (MIM UW)
29.10.2008 Estymacja FDR (false discovery rate) oraz inne zagadnienia przy analizie danych aCGH (array comparative genomic hybridization) Maciej Sykulski (MIM UW)
22.10.2008 Monitorowanie stanu przeszczepionej nerki i problemy statystyczne związane z tym zagadnieniem Przemysław Biecek (MIM UW)
15.10.2008 Modelowanie odpowiedzi białkowej na szok termiczny w komórce eukariotycznej Andrzej Mizera (Abo Akademi University & Turku Centre for Computer Science, Turku, Finlandia oraz IPPT PAN)
08.10.2008 Omówienie prac z konferencji ECCB 2008 Norbert Dojer (MIM UW) Janusz Dutkowski (MIM UW)
01.10.2008 Talk and crosstalk properties emerging from cause-effect experimental data Ewa Szczurek (MaxPlank Institute, Berlin oraz MIM UW)

2007/2008

Date Title Speaker Videos
4.06.2008 Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych Anna Gambin (MIM UW)
28.05.2008 Ziarna białkowe: alfabety i zastosowanie w algorytmie BLAST Maciej Sykulski (MIM UW)
21.05.2008 Sieci filogenetyczne: modelowanie i rekonstruowalność Paweł Górecki (MIM UW)
14.05.2008 Selekcja modeli aktywacji receptora szlaku sygnałowego JAK-STAT Mikołaj Rybiński (MIM UW)
7.05.2008 Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych Bogusław Kluge (MIM UW)
23.04.2008 Analiza sekwencji DNA w pobliżu miejsca terminacji translacji w różnych prokaryotach Przemysław Biecek (MIM UW oraz Uniwersytet Wrocławski)
16.04.2008 Algorytm Pearl'a dla sieci Bayesowskich Norbert Dojer (MIM UW)
9.04.2008 Sieci Bayesowskie - wprowadzenie Norbert Dojer (MIM UW)
2.04.2008 Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych Damian Wójtowicz (MIM UW)
19.03.2008 O dokładnej rekonstrukcji drzew genów z całych genomów Paweł Górecki (MIM UW)
12.03.2008 Przegląd metod obliczeniowych do przewidywania oddziaływań domena-domena Damian Wójtowicz (MIM UW)
5.03.2008 Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych Mikołaj Rybiński (MIM UW)
27.2.2008 Przewidywanie interakcji białko-białko i domena-domena - podejście obliczeniowe (przegląd) Damian Wójtowicz ((MIM UW))
20.2.2008 Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych Norbert Dojer (MIM UW)
23.1.2008 Markowowski model aktywności egzopeptydaz - kontynuacja Bogusław Kluge (MIM UW)
16.1.2008 Markowowski model aktywności egzopeptydaz Bogusław Kluge (MIM UW)
9.1.2008 Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych Janusz Dutkowski (MIM UW)
19.12.2007 Rozkład spektralny macierzy kwadratów odległości z zastosowaniami w biologii strukturalnej - kontynuacja Piotr Pokarowski (MIM UW)
12.12.2007 Zastosowania statystyki i informatyki w genomice i badaniach dynamiki populacji Przemysław Biecek (MIM UW i IM PAN oddzial we Wrocławiu)
5.12.2007 Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych Paweł Górecki (MIM UW)
28.11.2007 Struktura przestrzeni drzew z relacją sąsiedztwa NNI Jerzy Tiuryn (MIM UW)
21.11.2007 Rozkład spektralny macierzy kwadratów odległości z zastosowaniami w biologii strukturalnej Piotr Pokarowski (MIM UW)
14.11.2007 Projektowanie eksperymentów perturbacyjnych w sieciach sygnalizacyjnych i znajdowanie modułów regulacji genów Ewa Szczurek (MIM UW oraz Max Planck Institute Berlin)
7.11.2007 Przegląd nowych publikacji bioinformatycznych Bartek Wilczyński (MIM UW)
24.10.2007 Przewidywanie interakcji białko-białko - podejście ewolucyjne (c.d.) Janusz Dutkowski (MIM UW)
17.10.2007 Przewidywanie interakcji białko-białko - podejście ewolucyjne Janusz Dutkowski (MIM UW)
10.10.2007 Identyfikacja transpozonów typu PIF/Harbinger w genomie Medicago Trancatula Anna Gambin (MIM UW)
3.10.2007 Omówienie pewnych prac z konferencji ECCB/ISMB, Wiedeń, 2007 Jerzy Tiuryn (MIM UW)

2006/2007

Date Title Speaker Videos
6.6.2007 Analiza danych mikromacierzowych, część 2 Przemysław Świtalski (MIM UW) Krzysztof Zalewski (MIM UW)
30.5.2007 Analiza danych mikromacierzowych, część 1 Jakub Mieczkowski (MIM UW) Piotr Pokarowski (MIM UW)
23.5.2007 Omówienie najciekawszych prac z konferencji RECOMB 2007 Bartek Wilczyński (IM PAN oraz MIM UW)
16.5.2007 Przeszukiwanie przestrzeni drzew filogenetycznych - kontynuacja Bogusław Kluge (MIM UW)
9.5.2007 Przeszukiwanie przestrzeni drzew filogenetycznych Bogusław Kluge (MIM UW)
25.4.2007 Identyfikacja architektury genomu odpowiedzialnej za powstawanie chorób genomowych Paweł Stankiewicz (Zakład Genetyki Medycznej, Instytut Matki i Dziecka)
18.4.2007 Przegląd pewnych nowych wyników w bioinformatyce Jerzy Tiuryn (MIMUW)
4.4.2007 Metody identyfikacji obszarow cis-regulatorowych - kontynuacja Norbert Dojer (MIMUW)
14.3.2007 Metody identyfikacji obszarow cis-regulatorowych - kontynuacja Norbert Dojer (MIMUW)
7.3.2007 Metody identyfikacji obszarow cis-regulatorowych Norbert Dojer (MIMUW)
28.2.2007 Modelowanie sieci sygnalizacyjnych w rachunku pi Ewa Szczurek (Max Planck Institute Berlin oraz MIMUW)
21.2.2007 CTX-BLAST - kontekstowa wersja algorytmu BLAST Anna Gambin (MIMUW)
24.1.2007 Modelowanie i weryfikacja komórkowych szlaków sygnałowych (dokończenie) Mikołaj Rybiński (MIMUW)
17.1.2007 Modelowanie i weryfikacja komórkowych szlaków sygnałowych Mikołaj Rybiński (MIMUW)
10.1.2007 Odtwarzanie stochastycznych sieci logicznych z danych mikromacierzowych Bartek Wilczyński (IM PAN i MIMUW)
20.12.2006 EM dla bayesowskiego modelu hierarchicznego Szymona Nowakowskiego. - kontynuacja Piotr Pokarowski (MIMUW)
13.12.2006 EM dla bayesowskiego modelu hierarchicznego Szymona Nowakowskiego Piotr Pokarowski (MIMUW)
6.12.2006 Hierarchiczne klastrowanie stanów łańcucha Markowa Bogusław Kluge (MIMUW)
29.11.2006 Odtwarzanie sieci interakcji białko-białko u wspólnego przodka gatunków Janusz Dutkowski (MIMUW)
22.11.2006 Uliniowienie (alignment) sieci oddziaływań białko-białko. (kontynuacja) Janusz Dutkowski (MIMUW)
15.11.2006 Uliniowienie (alignment) sieci oddziaływań białko-białko. (kontynuacja) Janusz Dutkowski (MIMUW)
8.11.2006 Uliniowienie (alignment) sieci oddziaływań białko-białko. (kontynuacja) Janusz Dutkowski (MIMUW)
1.11.2006 Dzień wolny
25.10.2006 Uliniowienie (alignment) sieci oddziaływań białko-białko Janusz Dutkowski (MIMUW)
11.10.2006 Analiza ewolucji genomów. (kontynuacja) Damian Wójtowicz (MIMUW)
4.10.2006 Analiza ewolucji genomów Damian Wójtowicz (MIMUW)

2005/2006

Date Title Speaker Videos
07.06.2006 Uniform generation of random directed graphs with prescribed degree sequence Petko Fiziev (Max Plank Institute for Molecular Genetics, Berlin)
31.05.2006 Lokalne klasyfikatory jako narzędzie analizy i klasyfikacji sygnałów Wit Jakuczun (Wydział MiNI, Politechnika Warszawska)
24.05.2006 Grafy przecięć - dwa zastosowania w Biologii Obliczeniowej Teresa Przytycka (National Center of Biotechnology Information, NLM, NIH, Bethesda, MD, USA)
17.05.2006 O pewnej patologii związanej z bezskalowymi grafami losowymi Barabasiego-Albert-Bollobasa Jerzy Tiuryn (MIM UW)
10.05.2006 Klastrowanie spektralne łańcuchów Markowa Bogusław Kluge (MIM UW)
26.04.2006 O geometrycznych modelach drzew filogenetycznych Jarosław Wiśniewski (MIM UW)
12.04.2006 Omówienie konferencji RECOMB 2006 Janusz Dutkowski (MiMUW) Ewa Mąkosa (IMPAN) Bartek Wilczyński (MIM UW)
05.04.2006 PQ drzewa Paweł Górecki (MIM UW)
29.03.2006 Efektywne znajdowanie optymalnych sieci Bayesowskich - kontynuacja Norbert Dojer (MIM UW)
22.03.2006 Efektywne znajdowanie optymalnych sieci Bayesowskich Norbert Dojer (MIM UW)
08.03.2006 Bezskalowe grafy losowe - kontynuacja Janusz Dutkowski (MIM UW)
01.03.2006 O Drożdżach i ślimakach Jerzy Tiuryn (MIM UW)
22.02.2006 Bezskalowe grafy losowe Janusz Dutkowski (MIM UW)
25.01.2006 Odtwarzanie sieci regulacji genów na podstawie danych o ekspresji Bartek Wilczyński (IM PAN)
18.01.2006 Przegląd prac z konferencji: European Conference on Computational Biology Paweł Górecki (MIM UW)
11.01.2006 Wykorzystanie bazy lokalnych deskryptorów do rekonstrukcji struktury i sekwencji białek Michał Drabikowski (MIM UW)
21.12.2005 Algorytm k-means a klasyfikacja bayesowska Piotr Pokarowski (MIM UW)
14.12.2005 Porównywanie klastrowań - kontynuacja oraz dyskusja nad metodami weryfikacji Bogusław Kluge (MIM UW)
07.12.2005 Porównywanie klastrowań Bogusław Kluge (MIM UW)
30.11.2005 Poszukiwanie statystycznego potencjału opisującego oddziaływanie między ligandem a centrum aktywnym białka Marcin von Grotthuss (BioInfoBank Institute)
23.11.2005 Przewidywanie enzymatycznej funkcji na podstawie trójwymiarowego kształtu białka Marcin von Grotthuss (BioInfoBank Institute)
16.11.2005 Wpływ działania estrogenu na ekspresję genów w wątrobie na podstawie danych mikromacierzowych Ewa Mąkosa (MIM UW)
09.11.2005 Metoda lokalnych deskryptorów w przewidywaniu funkcji białek Marta Łuksza (MIM UW)
19.10.2005 Przegląd prac z III warsztatów genomiki porównawczej RECOMB Comparative Genomics 2005 Damian Wójtowicz (MIMUW)
12.10.2005 Rozpoznawanie miejsc wiążących czynniki transkrypcyjne Szymon Nowakowski (MIMUW)
05.10.2005 Spotkanie organizacyjne

2004/2005

Date Title Speaker Videos
18.05.2005 Paralogi, ortologi i genomika porównawcza - kontynuacja Jerzy Tiuryn (MIMUW)
11.05.2005 Paralogi, ortologi i genomika porównawcza Jerzy Tiuryn (MIMUW)
27.04.2005 Odkrywanie koregulacji genów na podstawie lokalnych podobieństw ekspresji Bartek Wilczyński (IM PAN i MIMUW)
20.04.2005 Dynamiczne sieci bayesowskie w modelowaniu regulacji genów. - kontynuacja Norbert Dojer (MIMUW)
13.04.2005 Dynamiczne sieci bayesowskie w modelowaniu regulacji genów. - kontynuacja Norbert Dojer (MIMUW)
6.04.2005 Dynamiczne sieci bayesowskie w modelowaniu regulacji genów. - kontynuacja Norbert Dojer (MIMUW)
23.03.2005 Dynamiczne sieci bayesowskie w modelowaniu regulacji genów. - kontynuacja Norbert Dojer (MIMUW)
16.03.2005 Dynamiczne sieci bayesowskie w modelowaniu regulacji genów Norbert Dojer (MIMUW)
09.03.2005 Miary oceny jakości testowania wielu hipotez statystycznych w zastosowaniach do mikromacierzy DNA. - kontynuacja Konrand Furmańczyk (SGGW)
02.03.2005 Miary oceny jakości testowania wielu hipotez statystycznych w zastosowaniach do mikromacierzy DNA Konrand Furmańczyk (SGGW)
23.02.2005 Klasyfikacja próbek w spektrometrii masowej. (kontynuacja) Anna Gambin (MIMUW)
19.01.2005 Idealne formy oddziaływań między aminokwasami w białkach. streszczenie Piotr Pokarowski (Wydział MIM UW)
12.01.2005 Klasyfikacja próbek w spektrometrii masowej Anna Gambin (Wydział MIM UW)
5.01.2005 Dr. Frankenstein - fully automated structure prediction by assembly of fold-recognition models' fragments Michał J. Gajda (IIMCB oraz Wydział MiNI PW)
15.12.2004 Minimalny model zwijania białek - motyw alfa Karol Droste (Wydział MIMUW)
8.12.2004 Poprawnie sformułowane przepływy czynności w bioinformatyce Jacek Sroka (Wydział MIMUW)
1.12.2004 Sieci Bayesowskie a sieci regulacyjne genów Norbert Dojer (Wydział MIMUW)
24.11.2004 Baza danych szlaków metabolicznych i substancji mogących w nich uczestniczyć Jakub Jurkiewicz (Wydział MIMUW i ICM UW)
17.11.2004 Markowowski model ewolucji genomu Damian Wójtowicz (Wydział MIMUW)
10.11.2004 Macierz substytucji aminokwasów uwzględniająca informację strukturalną Szymon Nowakowski (Wydział MIMUW)
03.11.2004 Metoda lokalnych deskryptorów - wybrane wyniki Michał Drabikowski (Wydział MIMUW)
27.10.2004 O strukturze uzgodnień Paweł Górecki (Wydział MIMUW)
20.10.2004 Klasyfikcja danych spektrometrycznych - metryki na rozkładach Joanna Reda (Wydział MiNI PW oraz MIMUW)
13.10.2004 Uogólnione sieci logiczne jako model regulacji genów Bartek Wilczyński (IMPAN)
06.10.2004 Spotkanie organizacyjne

2003/2004

Date Title Speaker Videos
26.05.04 Matematyczna analiza prostego modelu ewolucji genomu Jerzy Tiuryn (MIMUW)
19.05.04 Sieci bayesowskie z czasem ciągłym Damian Wójtowicz (MIM UW)
12.05.04 Zarządzanie danymi w biologii obliczeniowej Jacek Sroka (MIM UW)
05.05.04 Wyprowadzanie topologii sieci regulacyjnych Bartek Wilczyński (IM PAN)
21.04.04 O minimalizacji drzew uzgadniających Paweł Górecki (MIMUW)
31.03.04 Analiza złożoności problemu znajdowania przypisań w metodzie lokalnych deskryptorów - kontynuacja Michał Drabikowski (MIMUW)
24.03.04 Analiza złożoności problemu znajdowania przypisań w metodzie lokalnych deskryptorów Michał Drabikowski (MIMUW)
17.03.04 Analiza składowych głównych jako metoda redukcji wymiaru w zagadnieniu klasyfikacji Anna Gambin (MIMUW)
10.03.04 Wprowadzenie do SVM (Support Vector Machines) - kontynuacja Joanna Reda (Wydział MiNI PW oraz MIMUW)
03.03.04 Wprowadzenie do SVM (Support Vector Machines) - kontynuacja Joanna Reda (Wydział MiNI PW oraz MIMUW)
25.02.04 Wprowadzenie do SVM (Support Vector Machines) Joanna Reda (Wydział MiNI PW oraz MIMUW)
18.02.04 Metody przewidywania funkcji białka na podstawie jego struktury - kontynuacja Karol Droste (MIMUW i BioInfoBank)
11.02.04 Metody przewidywania funkcji białka na podstawie jego struktury Karol Droste (MIMUW i BioInfoBank)
14.01.04 Znajdowanie modeli optymalnych dla małych sieci genów Bartek Wilczyński (MIMUW)
07.01.04 Model Ewolucji Genomu - Lancuch Markowa Damian Wójtowicz (MIMUW)
17.12.03 Zastosowanie metody Expectation Maximization do odkrywania związków regulacyjnych pomiędzy genami Bartek Wilczyński (MIMUW)
10.12.03 Probabilistyczne modele kinetyki ekspresji genów - kontynuacja Jacek Miękisz (MIMUW) i Piotr Pokarowski (MIMUW)
03.12.03 Probabilistyczne modele kinetyki ekspresji genów Jacek Miękisz (MIMUW) i Piotr Pokarowski (MIMUW)
26.11.03 Probabilistyczne modele kinetyki ekspresji genów Anna Gambin (MIMUW) i Andrzej Kierzek (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN, Warszawa)
19.11.03 O teoretycznym i praktycznym podejściu do uzgadniania drzew filogenetycznych z horyzontalnym transferem genów Paweł Górecki (MIMUW)
12.11.03 O teoretycznym i praktycznym podejściu do uzgadniania drzew filogenetycznych z horyzontalnym transferem genów Paweł Górecki (MIMUW)
05.11.03 O teoretycznym i praktycznym podejściu do uzgadniania drzew filogenetycznych z horyzontalnym transferem genów Paweł Górecki (MIMUW)
29.10.03 O teoretycznym i praktycznym podejściu do uzgadniania drzew filogenetycznych z horyzontalnym transferem genów Paweł Górecki (MIMUW)
22.10.03 Estymatory rozkładów prawdopodobieństwa występowania sekwencji aminokwasowej w uliniowieniu (kontynuacja) Szymon Nowakowski (MIMUW)
15.10.03 Estymatory rozkładów prawdopodobieństwa występowania sekwencji aminokwasowej w uliniowieniu Szymon Nowakowski (MIMUW)

2002/2003

Date Title Speaker Videos
27.05.03 Alternatywna metoda klasteryzacji deskryptorów i zastosowanie do porównywania struktury białek Paweł Daniluk (MIMUW)
20.05.03 Genetyka agresji Piotr Stępień (Wydział Biologii UW i IBB PAN)
13.05.03 Globalna analiza interakcji czynników transkrypcyjnych u drożdży Andrzej Jerzmanowski (Wydział Biologii UW i IBB PAN) oraz Jerzy Tiuryn (MIMUW)
06.05.03 Bioinformatyka regulacji genów: przegląd prac z ostatnich konferencji RECOMB'2003 oraz Pacific Symp. Bioinf.'2003 Jerzy Tiuryn (MIMUW)
29.04.03 O złożoności problemów mapowania genomów Jacek Błażewicz (Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej oraz Instytut Chemii Bioorganicznej PAN)
15.04.03 Wybrane aspekty przewidywania struktury białek Krzysztof Fidelis (Lawrence Livermore National Laboratory, USA)
01.04.03 Stan przejściowy w białkach Marek Cieplak (Instytut Fizyki, PAN)
25.03.03 Hierarchiczna metoda przewidywania struktury białek w oparciu o kryteria energetyczne Adam Liwo (Wydział Chemii Uniwersytetu Gdańskiego oraz Centrum Informatyczne Trójmiejskiej Akademickiej Sieci Komputerowej)
18.03.03 Stochastyczne efekty w ekspresji genów Andrzej Kierzek (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN, Warszawa)
11.03.03 Jednolite podejście do przewidywania struktury białek Andrzej Koliński (Wydział Chemii, UW)
25.02.03 Analiza motywów rejonów promotorowych u Arabidopsis thaliana Jerzy Dyczkowski (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN)
18.02.03 Regulatorowe RNA Jan Barciszewki (Instytut Chemii Bioorganicznej PAN, Poznań)
07.01.03 CASP5 -- modelowanie struktury białek w oparciu o podobieństwo sekwencyjne Krzysztof Ginalski (ICM UW, BioInfoBank Institute)
17.12.02 Repetitions in DNA sequences and algorithms for identifying them Gregory Kucherov (INRIA/LORIA, Nancy, Francja)
10.12.02 Rozpoznawanie białko - białko Marian Siwak (Instytut Biochemii i Biofizyki, PAN)
03.12.02 Wykrywanie horyzontalnego transferu genów Paweł Górecki (Instytut Informatyki, UW)
19.11.02 3D-Jury, poprawianie jakości automatycznego przewidywania struktury białek Leszek Rychlewski (BioInfoBank Institute, Pozna)
12.11.02 Mechanizmy regulacyjne w procesie rozwoju Andrzej Jerzmanowski (Wydział Biologii UW oraz Instytut Biochemii i Biofizyki PAN)
05.11.02 Zastosowanie informacji o strukturze białek do odtwarzania historii ewolucyjnej w "strefie zmierzchu" podobieństwa sekwencyjnego Janusz M. Bujnicki (Miedzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej, Warszawa)
29.10.02 Zwijanie białek metoda lokalnych deskryptorów, cz. 2 Szymon Nowakowski (Instytut Informatyki, UW)
22.10.02 Zwijanie białek metoda lokalnych deskryptorów, cz. 1 Michał Drabikowski (Instytut Informatyki, UW)
15.10.02 Uliniowienie kontekstowe w filogenetyce Anna Gambin (Instytut Informatyki, UW)

Organizers

Norbert Dojer
Anna Gambin
Paweł Górecki
Aleksander Jankowski
Ewa Szczurek
Jerzy Tiuryn
Bartek Wilczyński